<br><br>----- Original Message -----<br>From: Sunita Patel &lt;sunita@mailhost.tifr.res.in&gt;<br>Date: Monday, October 11, 2010 22:50<br>Subject: [gmx-users] do_dssp&nbsp; failed to execute<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Dear User,<br>&gt; <br>&gt; I set the path for dssp executable in .bashrc file. Still <br><br>dssp in the path is probably not sufficient. See http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/do_dssp<br><br>Mark<br><br>&gt; getting following<br>&gt; error. Could anybody suggest what would be the problem. <br>&gt; <br>&gt; ********************************error message********<br>&gt; Select a group: 5<br>&gt; Selected 5: 'MainChain'<br>&gt; There are 134 residues in your selected group<br>&gt; Opening library file <br>&gt; /home/sunita/soft/gromacs/share/gromacs/top/ss.mapReading <br>&gt; frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 <br>&gt; time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; <br>&gt; Back Off! I just backed up dd3sOJn3 to ./#dd3sOJn3.1#<br>&gt; <br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; Program do_dssp, VERSION 4.0.7<br>&gt; Source code file: do_dssp.c, line: 471<br>&gt; <br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Failed to execute command: /home/sunita/soft/bin -na dd3sOJn3 <br>&gt; ddZl9dcf &gt;<br>&gt; /dev/null 2&gt; /dev/null<br>&gt; **********************************<br>&gt; <br>&gt; Thanks,<br>&gt; Sunit<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -------------<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists