<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>

<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=koi8-r">

<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">

<style>

<!--

 /* Font Definitions */

 @font-face

        {font-family:Helvetica;

        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}

@font-face

        {font-family:Helvetica;

        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}

@font-face

        {font-family:Calibri;

        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}

@font-face

        {font-family:Tahoma;

        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}

 /* Style Definitions */

 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal

        {margin:0cm;

        margin-bottom:.0001pt;

        font-size:12.0pt;

        font-family:"Times New Roman","serif";}

a:link, span.MsoHyperlink

        {mso-style-priority:99;

        color:blue;

        text-decoration:underline;}

a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed

        {mso-style-priority:99;

        color:purple;

        text-decoration:underline;}

span.EmailStyle17

        {mso-style-type:personal-reply;

        font-family:"Calibri","sans-serif";

        color:#1F497D;}

.MsoChpDefault

        {mso-style-type:export-only;}

@page WordSection1

        {size:612.0pt 792.0pt;

        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}

div.WordSection1

        {page:WordSection1;}

-->

</style>

<!--[if gte mso 9]><xml>

 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />

</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>

 <o:shapelayout v:ext="edit">

  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />

 </o:shapelayout></xml><![endif]-->

</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=WordSection1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'>The error has told you, you have repeat energy groups, where at

least one (and in your case all) of the atoms are placed within two energy

groups.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'>Solution, define your energy groups so that you don&#8217;t have

atoms in more than one.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal>You currently have:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= Protein Protein<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal>Should be something like<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= Protein SOL<span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'>Catch ya,<br>

<br>

Dr. Dallas Warren<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'>Medicinal Chemistry and Drug Action<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'>Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>,

Monash University<br>

381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>

dallas.warren@monash.edu<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'>+61 3 9903 9304<br>

---------------------------------<br>

When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a

nail.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'> <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";

color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span

style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>

gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b>On

Behalf Of </b>???? ?????<br>

<b>Sent:</b> Monday, 11 October 2010 4:13 AM<br>

<b>To:</b> jalemkul@vt.edu; Discussion list for GROMACS users<br>

<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] output force<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Unfortunately I've got an

error.<br>

<br>

This is .mdp file:<br>

<br>

title = title<br>

cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; /lib/cpp<br>

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>

tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 0.0<br>

dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 0.002&nbsp; <br>

nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 25000&nbsp; <br>

nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 1<br>

comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;

System<br>

ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; -1<br>

niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 40<br>

nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 10000<br>

nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 0<br>

nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 0<br>

nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 500<br>

nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;

100<br>

nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 10<br>

ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; grid<br>

rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 1.2<br>

coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<br>

rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 1.2<br>

fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.12<br>

pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<br>

optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>

pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; xyz<br>

vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; Cut-off<br>

rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 1.2<br>

tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; V-rescale<br>

tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; System<br>

tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 0.1<br>

ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 300.0<br>

annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = single<br>

annealing_npoints&nbsp;&nbsp; = 3<br>

annealing_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0 5 50<br>

annealing_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5 300 300<br>

pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; berendsen<br>

pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;

isotropic<br>

compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<br>

tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 10.0<br>

ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 1.0<br>

gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; yes<br>

gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; 5.0<br>

gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; -1<br>

constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<br>

constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Lincs<br>

lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<br>

disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

=&nbsp; simple<br>

disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = conservative<br>

disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50000<br>

disre_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= constraint<br>

pull_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = distance<br>

pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y

Y Y<br>

pull_constr_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-6<br>

pull_nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

pull_nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = a<br>

pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = b<br>

pull_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.700<br>

pull_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

pull_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

= 1000<br>

lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>

energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein

Protein<br>

<br>

I just replace in .mdp file line energygrps = System and the error is:<br>

<br>

Fatal error:<br>

Atom 1 in multiple Energy Mon. groups (1 and 2)<br>

<br>

What should I do to avoid this?<br>

<br>

<br>

<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>10 ������� 2010&nbsp;�. 20:01 ������������ ���� ����� &lt;<a

href="mailto:magistrpetrus@gmail.com">magistrpetrus@gmail.com</a>&gt; �������:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Thank you very much!<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>10 ������� 2010&nbsp;�. 19:58 ������������ Justin A. Lemkul

&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;

�������:<o:p></o:p></p>

<div>

<div>

<blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;

margin-left:4.8pt;margin-right:0cm'>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><br>

<br>

���� ����� wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>So if I want to get

protein-solvent component I should add in .mdp:<br>

<br>

energygrps = Protein SOL<br>

<br>

?<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Yes, and set nstlist = 1.<br>

<br>

-Justin<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>10 ������� 2010 �. 16:41 ������������ Justin A. Lemkul &lt;<a

href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a

href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;

�������:<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><br>

<br>

<br>

<br>

&nbsp; &nbsp;���� ����� wrote:<br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thank you for response!<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;One more question:<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;How can I get file with energy groups? Should I use

grompp with<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;a -e ener.edr option? In this case, how to build

ener.edr file?<br>

<br>

<br>

&nbsp; &nbsp;The &quot;energrygrps&quot; keyword is an .mdp option, so generate

a new .tpr<br>

&nbsp; &nbsp;file with the desired groups and use the -rerun feature of mdrun

on<br>

&nbsp; &nbsp;the trajectory that has already been produced.<br>

<br>

&nbsp; &nbsp;-Justin<br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 ������� 2010 �. 14:50 ������������ Mark Abraham<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au"

target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a> &lt;mailto:<a

href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au"

target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au"

target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;&gt;&gt; �������:<br>

<br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; You can get that with cunning use of energy

groups and mdrun<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-rerun,<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; but not mid-simulation.<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Mark<br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ----- Original Message -----<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; From: ���� ����� &lt;<a

href="mailto:magistrpetrus@gmail.com" target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:magistrpetrus@gmail.com"

target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a>&gt;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a

href="mailto:magistrpetrus@gmail.com" target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:magistrpetrus@gmail.com"

target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a>&gt;&gt;&gt;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Date: Saturday, October 9, 2010 21:41<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Subject: [gmx-users] output force<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org"

target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>

&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Hello dear gmx-users!<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; When calculated forces in gromacs

to produce pmf, we have<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;the net<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; force in output. For example:<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; ...<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; #<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; # Giving Russians Opium May Alter

Current Situation<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; #<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; @ &nbsp; &nbsp;title &quot;Pull

force&quot;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; @ &nbsp; &nbsp;xaxis &nbsp;label

&quot;Time (ps)&quot;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; @ &nbsp; &nbsp;yaxis &nbsp;label

&quot;Force (kJ/mol/nm)&quot;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; @TYPE xy<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.000000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1017490.761270<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.002000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-253098.034916<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.004000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-43856.400160<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.006000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;48980.619113<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.008000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;52103.053067<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.010000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;33788.090031<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.012000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;19096.388350<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.014000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14094.738810<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.016000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14027.621966<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.018000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;15162.993741<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.020000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14136.978177<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; ... etc.<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; What sould I do to get the net

force of protein-solvent<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interactions or protein-protein interactions

or solvent-solvent<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interactions instead and get output .xvg

file in the form<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;like this:<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; time &nbsp; &nbsp; Force(type1)

&nbsp; &nbsp;Force(type2) &nbsp; &nbsp;Force(type3)<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; t1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f1

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f1 &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;f1<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; t2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f2

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f2 &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;f2<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; t3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f3

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f3 &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;f3<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; ... &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp;... &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ...

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;...<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; etc.<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Thank you for attention and I

hope you will help me!<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; --<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; gmx-users mailing list &nbsp;

&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org"

target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>

&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; <a

href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Please search the archive at<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; <a

href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>

before<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;posting!<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Please don't post (un)subscribe

requests to the list. Use the<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; www interface or send it to <a

href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Can't post? Read <a

href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a

href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org"

target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>

&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a

href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a

href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>

before<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;posting!<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to

the list. Use the<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www interface or send it to <a

href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a

href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>

<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can't post? Read <a

href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

<br>

<br>

<br>

&nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; ========================================<br>

<br>

&nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>

&nbsp; &nbsp;Ph.D. Candidate<br>

&nbsp; &nbsp;ICTAS Doctoral Scholar<br>

&nbsp; &nbsp;MILES-IGERT Trainee<br>

&nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>

&nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>

&nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal>&nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu"

target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt;

| (540) 231-9080<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>

&nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"

target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>

<br>

&nbsp; &nbsp;========================================<br>

<br>

&nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a

href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>

&nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>

&nbsp; &nbsp;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"

target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

&nbsp; &nbsp;Please search the archive at<br>

&nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"

target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before

posting!<br>

&nbsp; &nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>

&nbsp; &nbsp;interface or send it to <a

href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>

&nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"

target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>

&nbsp; &nbsp;Can't post? Read <a

href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

<br>

<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><br>

-- <br>

========================================<br>

<br>

Justin A. Lemkul<br>

Ph.D. Candidate<br>

ICTAS Doctoral Scholar<br>

MILES-IGERT Trainee<br>

Department of Biochemistry<br>

Virginia Tech<br>

Blacksburg, VA<br>

jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>

<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"

target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>

<br>

========================================<br>

-- <br>

gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org"

target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>

<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a

href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>

before posting!<br>

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or

send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"

target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</blockquote>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

</div>

</div>

</body>

</html>