Hello dear gmx-users!<br><br>So, I run md and got all files md.cpt, .trr, .gro, mdf.xvg,... etc.<br>then I did: grompp_d -f sp.mdp -c md.gro -n index.ndx -p topol.top -o sp.tpr<br>where sp.mdp differ from md.mdp in one line: energygrps = Protein SOL (in md.mdp: energygrps = System)<br>
after that I did: mdrun_d -s sp.tpr -pf spf -rerun md.trr<br>and got file spf.xvg, but there was no forces:<br><br>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; title &quot;Pull force&quot;<br>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time (ps)&quot;<br>@&nbsp;&nbsp;&nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Force (kJ/mol/nm)&quot;<br>
@TYPE xy<br>0.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>20.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>40.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>60.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>80.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>100.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>
120.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>140.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>160.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>180.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>200.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br><br>Also while reading frame I had a warning:<br>
<br>&nbsp;WARNING: Some frames do not contain velocities.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ekin, temperature and pressure are incorrect,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the virial will be incorrect when constraints are present.<br><br>But I have no idea how to fix this.<br>
<br>Help me, please.<br><br>Sincerely.<br>Petr.<br><br><br><br><div class="gmail_quote">11 октября 2010&nbsp;г. 6:33 пользователь Dallas Warren <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Dallas.Warren@monash.edu">Dallas.Warren@monash.edu</a>&gt;</span> написал:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">








<div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US">

<div>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">The error has told you, you have repeat energy groups, where at
least one (and in your case all) of the atoms are placed within two energy
groups.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">&nbsp;</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">Solution, define your energy groups so that you don&rsquo;t have
atoms in more than one.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">&nbsp;</span></p>

<p class="MsoNormal">You currently have:</p>

<p class="MsoNormal">energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= Protein Protein</p>

<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="MsoNormal">Should be something like</p>

<p class="MsoNormal">energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= Protein SOL<span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">&nbsp;</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; color: rgb(31, 73, 125);">Catch ya,<br>
<br>
Dr. Dallas Warren</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; color: rgb(31, 73, 125);">Medicinal Chemistry and Drug Action</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; color: rgb(31, 73, 125);">Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span style="font-size: 10pt; color: rgb(31, 73, 125);">,
Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
<a href="mailto:dallas.warren@monash.edu" target="_blank">dallas.warren@monash.edu</a></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; color: rgb(31, 73, 125);">+61 3 9903 9304<br>
---------------------------------<br>
When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a
nail.</span><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">&nbsp;</span></p>

<div style="border-width: medium medium medium 1.5pt; border-style: none none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color -moz-use-text-color blue; padding: 0cm 0cm 0cm 4pt;">

<div>

<div style="border-width: 1pt medium medium; border-style: solid none none; border-color: rgb(181, 196, 223) -moz-use-text-color -moz-use-text-color; padding: 3pt 0cm 0cm;">

<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt;">From:</span></b><span style="font-size: 10pt;">
<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> [mailto:<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>] <b>On
Behalf Of </b>???? ?????<br>
<b>Sent:</b> Monday, 11 October 2010 4:13 AM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>; Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] output force</span></p>

</div>

</div><div><div></div><div class="h5">

<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;">Unfortunately I&#39;ve got an
error.<br>
<br>
This is .mdp file:<br>
<br>
title = title<br>
cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; /lib/cpp<br>
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>
tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 0.0<br>
dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 0.002&nbsp; <br>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 25000&nbsp; <br>
nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 1<br>
comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
System<br>
ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; -1<br>
niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 40<br>
nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 10000<br>
nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 0<br>
nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 0<br>
nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 500<br>
nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
100<br>
nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 10<br>
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; grid<br>
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 1.2<br>
coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<br>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 1.2<br>
fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.12<br>
pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<br>
optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>
pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; xyz<br>
vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; Cut-off<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 1.2<br>
tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; V-rescale<br>
tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; System<br>
tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 0.1<br>
ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 300.0<br>
annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = single<br>
annealing_npoints&nbsp;&nbsp; = 3<br>
annealing_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0 5 50<br>
annealing_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5 300 300<br>
pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; berendsen<br>
pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
isotropic<br>
compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<br>
tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 10.0<br>
ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 1.0<br>
gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; yes<br>
gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 5.0<br>
gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; -1<br>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<br>
constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Lincs<br>
lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<br>
disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; simple<br>
disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = conservative<br>
disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>
nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50000<br>
disre_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= constraint<br>
pull_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = distance<br>
pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y
Y Y<br>
pull_constr_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-6<br>
pull_nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
pull_nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = a<br>
pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = b<br>
pull_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.700<br>
pull_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>
pull_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= 1000<br>
lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>
energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein
Protein<br>
<br>
I just replace in .mdp file line energygrps = System and the error is:<br>
<br>
Fatal error:<br>
Atom 1 in multiple Energy Mon. groups (1 and 2)<br>
<br>
What should I do to avoid this?<br>
<br>
<br>
</p>

<div>

<p class="MsoNormal">10 октября 2010&nbsp;г. 20:01 пользователь Петр Попов &lt;<a href="mailto:magistrpetrus@gmail.com" target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a>&gt; написал:</p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;">Thank you very much!</p>

<div>

<p class="MsoNormal">10 октября 2010&nbsp;г. 19:58 пользователь Justin A. Lemkul
&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;
написал:</p>

<div>

<div>

<blockquote style="border-width: medium medium medium 1pt; border-style: none none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(204, 204, 204); padding: 0cm 0cm 0cm 6pt; margin-left: 4.8pt; margin-right: 0cm;">


<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>

<div>

<p class="MsoNormal"><br>
<br>
Петр Попов wrote:</p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;">So if I want to get
protein-solvent component I should add in .mdp:<br>
<br>
energygrps = Protein SOL<br>
<br>
?</p>

<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>

</div>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;">Yes, and set nstlist = 1.<br>
<br>
-Justin</p>

<p class="MsoNormal">10 октября 2010 г. 16:41 пользователь Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;
написал:</p>

<div>

<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
<br>
&nbsp; &nbsp;Петр Попов wrote:<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thank you for response!<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;One more question:<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;How can I get file with energy groups? Should I use
grompp with<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;a -e ener.edr option? In this case, how to build
ener.edr file?<br>
<br>
<br>
&nbsp; &nbsp;The &quot;energrygrps&quot; keyword is an .mdp option, so generate
a new .tpr<br>
&nbsp; &nbsp;file with the desired groups and use the -rerun feature of mdrun
on<br>
&nbsp; &nbsp;the trajectory that has already been produced.<br>
<br>
&nbsp; &nbsp;-Justin<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 октября 2010 г. 14:50 пользователь Mark Abraham<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a> &lt;mailto:<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;&gt;&gt; написал:<br>
<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; You can get that with cunning use of energy
groups and mdrun<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-rerun,<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; but not mid-simulation.<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Mark<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ----- Original Message -----<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; From: Петр Попов &lt;<a href="mailto:magistrpetrus@gmail.com" target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:magistrpetrus@gmail.com" target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a>&gt;</p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:magistrpetrus@gmail.com" target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:magistrpetrus@gmail.com" target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a>&gt;&gt;&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Date: Saturday, October 9, 2010 21:41<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Subject: [gmx-users] output force<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;</p>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>
&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Hello dear gmx-users!<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; When calculated forces in gromacs
to produce pmf, we have<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;the net<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; force in output. For example:<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; ...<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; #<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; # Giving Russians Opium May Alter
Current Situation<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; #<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; @ &nbsp; &nbsp;title &quot;Pull
force&quot;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; @ &nbsp; &nbsp;xaxis &nbsp;label
&quot;Time (ps)&quot;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; @ &nbsp; &nbsp;yaxis &nbsp;label
&quot;Force (kJ/mol/nm)&quot;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; @TYPE xy<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.000000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1017490.761270<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.002000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-253098.034916<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.004000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-43856.400160<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.006000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;48980.619113<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.008000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;52103.053067<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.010000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;33788.090031<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.012000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;19096.388350<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.014000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14094.738810<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.016000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14027.621966<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.018000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;15162.993741<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; 0.020000 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14136.978177<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; ... etc.<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; What sould I do to get the net
force of protein-solvent<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interactions or protein-protein interactions
or solvent-solvent<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interactions instead and get output .xvg
file in the form<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;like this:<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; time &nbsp; &nbsp; Force(type1)
&nbsp; &nbsp;Force(type2) &nbsp; &nbsp;Force(type3)<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; t1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f1
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f1 &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;f1<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; t2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f2
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f2 &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;f2<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; t3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f3
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; f3 &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;f3<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; ... &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;... &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ...
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;...<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; etc.<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Thank you for attention and I
hope you will help me!<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; --<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; gmx-users mailing list &nbsp;
&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;</p>

</div>

</div>

<p class="MsoNormal">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>
&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;</p>

<div>

<p class="MsoNormal"><br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Please search the archive at<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
before<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;posting!<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe
requests to the list. Use the<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;</p>

</div>

<p class="MsoNormal">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>
&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;</p>

<div>

<p class="MsoNormal"><br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
before<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;posting!<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to
the list. Use the<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a></p>

</div>

<div>

<p class="MsoNormal">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
&nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
<br>
&nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
&nbsp; &nbsp;Ph.D. Candidate<br>
&nbsp; &nbsp;ICTAS Doctoral Scholar<br>
&nbsp; &nbsp;MILES-IGERT Trainee<br>
&nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
&nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
&nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA</p>

</div>

<p class="MsoNormal">&nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt;
| (540) 231-9080</p>

<div>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;"><br>
&nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
&nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
&nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&nbsp; &nbsp;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&nbsp; &nbsp;Please search the archive at<br>
&nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before
posting!<br>
&nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
</p>

</div>

<div>

<div>

<p class="MsoNormal"><br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or
send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></p>

</div>

</div>

</blockquote>

</div>

</div>

</div>

<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>

</div>

<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>

</div></div></div>

</div>

</div>


<br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>