<br><br>----- Original Message -----<br>From: vinothkumar mohanakrishnan &lt;kmvinoth@gmail.com&gt;<br>Date: Monday, October 11, 2010 17:12<br>Subject: Re: [gmx-users] Reg: Installing gromacs in cygwin<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi mark </div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have installed cygwin 1.7.7(the latest version)&nbsp;and i want to install only gromacs 4.0.5 (for scientific continuity).any help is highly appreciated.<br><br>OK, so like I asked last time, what's above the message you quoted?<br><br>Mark<br><br></div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Regards</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Vinoth<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div> <div class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>On Mon, Oct 11, 2010 at 11:20 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=mark.abraham@anu.edu.au')">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="padding-left: 1ex; margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);"> <div class="im"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>----- Original Message -----<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>From: vinothkumar mohanakrishnan &lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=kmvinoth@gmail.com')" target="1">kmvinoth@gmail.com</a>&gt;<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Date: Monday, October 11, 2010 16:29<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Subject: [gmx-users] Reg: Installing gromacs in cygwin<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')" target="1">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>Hi</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp;</div></div> <div> <div class="im"><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>I am installing gromacs-4.0.5<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>That version's a few years old, and unless you need scientific continuity, you should install the latest version.  <div> <div></div> <div class="h5"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; in windows using cygwin and i followed th procedure described in the link <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-September/044792.html" target="1">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-September/044792.html</a>. there is no problem with fftw-3.2.2 installation. while insatlling gromacs at first i gave the command (as said in the link above)</div> </div></div> <div> <div></div> <div class="h5"> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>./configure --prefix=/cygdrive/c/Packages/Gromacs --enable-shared<br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LDFLAGS='-L/cygdrive/c/Packages/fftw/lib/'<br> <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CPPFLAGS='-I/cygdrive/c/Packages/fftw/include/'</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>and then i gave the command <strong>make</strong> and i am getting the error message as one given below. any help is highly appreciated.</div>  <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>collect2: Id returned 1 exit status</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>make[3]: *** [grompp.exe] Error 1</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>make[3]: Leaving directory '/cygdrive/c/Packages/gromacs-4.0.5/src/kernel'</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>make[2]: *** [all-directory] Error 1</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>make[2]: Leaving directory '/cygdrive/c/Packages/gromacs-4.0.5/src'</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>make[1]: *** [all] Error 2</div> <div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>make[1]: Leaving directory '/cygdrive/c/Packages/gromacs-4.0.5/src'</div></div></div> <div> <div> <div></div> <div class="h5"><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>make: *** [all-recursive] Error 1<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>What's above that? Is this a recent cygwin installation?<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Mark<br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>--<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="1">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> www interface or send it to <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users-request@gromacs.org')">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="1">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br> </blockquote></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists