<br><br>----- Original Message -----<br>From: vinothkumar mohanakrishnan &lt;kmvinoth@gmail.com&gt;<br>Date: Monday, October 11, 2010 16:29<br>Subject: [gmx-users] Reg: Installing gromacs in cygwin<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am installing gromacs-4.0.5<br><br>That version's a few years old, and unless you need scientific continuity, you should install the latest version.<br><br>&gt; in windows using cygwin and i followed th procedure described in the link <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-September/044792.html" target="1">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-September/044792.html</a>. there is no problem with fftw-3.2.2 installation. while insatlling gromacs at first i gave the command (as said in the link above)</div>  <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>./configure --prefix=/cygdrive/c/Packages/Gromacs --enable-shared<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LDFLAGS='-L/cygdrive/c/Packages/fftw/lib/'<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CPPFLAGS='-I/cygdrive/c/Packages/fftw/include/'</div>  <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>and then i gave the command <strong>make</strong> and i am getting the error message as one given below. any help is highly appreciated.</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>collect2: Id returned 1 exit status</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[3]: *** [grompp.exe] Error 1</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[3]: Leaving directory '/cygdrive/c/Packages/gromacs-4.0.5/src/kernel'</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[2]: *** [all-directory] Error 1</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[2]: Leaving directory '/cygdrive/c/Packages/gromacs-4.0.5/src'</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[1]: *** [all] Error 2</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[1]: Leaving directory '/cygdrive/c/Packages/gromacs-4.0.5/src'</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make: *** [all-recursive] Error 1<br><br>What's above that? Is this a recent cygwin installation?<br><br>Mark<br></div>