<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Mark<br>I will try to be more specific.<br><br>In the case I have 4 chains in a simulation box, by typing g_gyrate -f traj.xtc -s topol.tpr -nmol 4 I take the following:<br><br>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 180elements<br>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; AAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br>Select group:<br><br>By choosing here the Group 0, GROMACS
 calculates the Rg for each chain and then calculates the average Rg.<br><br>Now I have the same system but with a substrate. I want to calculate again the average Rg for these 4 chains without taking into acount the substrate. So, how can I select in the following only the 4 chains and find again the average Rg? <br><br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 680elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ZZZ)&nbsp; has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; AAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5
 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br>Select group:<br><br>Notice that I don't want to find the Rg over the union of the chains, but the local Rg of each chain and then to take the average. <br><br>I hope know you understand<br><br>Many thanks<br>Chrysostomos<br><br><br><br><br>--- Στις <b>Τρίτ., 12/10/10, ο/η Mark Abraham <i>&lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;</i></b> έγραψε:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>Από: Mark Abraham &lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;<br>Θέμα: Re: [gmx-users] g_gyrate<br>Προς: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Ημερομηνία: Τρίτη, 12 Οκτώβριος 2010, 13:47<br><br><div id="yiv876468993">I'm not sure what the problem is. If you want to merge groups to get the radius of gyration over the union of those groups, then you need to use
 make_ndx on your previous .ndx file to generate such a group.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: "C. Batistakis" &lt;cbatiss@yahoo.gr&gt;<br>Date: Tuesday, October 12, 2010 21:44<br>Subject: [gmx-users] g_gyrate<br>To: gromacs &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear all<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have the following system. Substrate with 3696 particles and 4 polymer chains with 45 beads/chain.&nbsp; After typing g_gyrate, I have the following option:<br><font style="font-style: normal;
 font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 680 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ZZZ) has&nbsp;&nbsp; 500 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; AAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3
 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DAA)  has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Select a group:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt;
 </font>Can someone tell me how can I calculate the average radius of gyration  only from the groups 2,3,4,5 of the previous system? <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thanks in advance<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Chrysostomos<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></td></tr></tbody></table><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt;
 http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists
</div><br>-----Ακολουθεί συνημμένο-----<br><br><div class="plainMail">-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
 target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div></blockquote></td></tr></table><br>