You get the density by running g_energy. If you've tried that and seen that the density wasn't there, that would be because your volume is constant in an NVT simulation. grompp probably reported the density when you made the .tpr, however.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: vferrario@units.it<br>Date: Tuesday, October 12, 2010 23:14<br>Subject: Re: [gmx-users] g_density options<br>To: jalemkul@vt.edu, Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Thanks a lot, but... How can I exctract density information by <br>&gt; using g_energy?<br>&gt; <br>&gt; Valerio<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt; ha scritto:<br>&gt; <br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;Justin A. Lemkul wrote:<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;vferrario@units.it wrote:<br>&gt; &gt;&gt;&gt;I'm a GROMACS user and I want to authomatize solvent <br>&gt; parametrization in<br>&gt; &gt;&gt;&gt;GROMOS force-field. The parametrization of a solvent converg <br>&gt; also on<br>&gt; &gt;&gt;&gt;the density. The problem is that g_density always ask on <br>&gt; which element<br>&gt; &gt;&gt;&gt;of the system compute the density and it is waiting for a <br>&gt; replay that<br>&gt; &gt;&gt;&gt;I can't authomatize. Is it possible to set the g-density <br>&gt; calculation&gt;&gt;&gt;on the whole system by default and skippink the <br>&gt; choice step?<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;If you're analyzing a homogeneous liquid system, then <br>&gt; g_density is the wrong tool.&nbsp; It calculates density as a <br>&gt; function of the box vector.&nbsp; The whole density of the <br>&gt; system is written to the .edr file and can be extracted using <br>&gt; g_energy.&gt;&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;And if you're looking to automate any process in Gromacs, see <br>&gt; the following:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;http://www.gromacs.org/Documentation/How-<br>&gt; tos/Making_Commands_Non-Interactive<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;-Justin<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;-- <br>&gt; &gt;========================================<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;Justin A. Lemkul<br>&gt; &gt;Ph.D. Candidate<br>&gt; &gt;ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; &gt;MILES-IGERT Trainee<br>&gt; &gt;Department of Biochemistry<br>&gt; &gt;Virginia Tech<br>&gt; &gt;Blacksburg, VA<br>&gt; &gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; &gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;========================================<br>&gt; &gt;-- <br>&gt; &gt;gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; &gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ----------------------------------------------------------------<br>&gt; This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww <br>&gt; interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists