<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello Sir,<br><br>I want to ask a question about missing residues, for which coordinates are not defined in the PDB file.<br>I have this protein structure and in one of the loop there are some residues whose coordinates are not defined in the file.<br>When I did pdb2gmx for preparing the topology, it joined the end of this loop and renumber ed the whole chain there after.<br>I searched on net and it was written that missing residues should be modelled somehow before running simulation, but in my case i cant model this loop having missing residues because these are very flexible and i cant define their coordinates through modeling,<br>So, if there is someway through which these residues remain missing and still I can go ahead with simulation ?<br>Thanks in advance.<br>Regards<br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div></td></tr></table><br>