<br><br>----- Original Message -----<br>From: "C. Batistakis" &lt;cbatiss@yahoo.gr&gt;<br>Date: Wednesday, October 13, 2010 1:41<br>Subject: Re: [gmx-users] g_gyrate<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Mark<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I will try to be more specific.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>In the case I have 4 chains in a simulation box, by typing g_gyrate -f traj.xtc -s topol.tpr -nmol 4 I take the following:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 180elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; AAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Select group:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>By choosing here the Group 0, GROMACS  calculates the Rg for each chain and then calculates the average Rg.<br><br>Here, System is the union of the four other groups. I'm not sure why g_gyrate can tell the chains apart from the group you've chosen. I've never used g_gyrate.<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Now I have the same system but with a substrate. I want to calculate again the average Rg for these 4 chains without taking into acount the substrate. So, how can I select in the following only the 4 chains and find again the average Rg? <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 680elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ZZZ)&nbsp; has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; AAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5  (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DAA) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45 elements<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Select group:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Notice that I don't want to find the Rg over the union of the chains, but the local Rg of each chain and then to take the average. <br></td></tr></tbody></table><br>By analogy, if your above description is accurate, you should get the result you want from using make_ndx to make a union of the four polymer chains, and then choosing that group in g_gyrate.<br><br>Mark