<br><br>----- Original Message -----<br>From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Date: Wednesday, October 13, 2010 0:50<br>Subject: Re: [gmx-users] output force - 2<br>To: Gromacs Users' List &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Петр Попов wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;Is the way to decompose pull force?<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; None that I'm aware of.&nbsp; The only terms that (I think) can <br>&gt; be decomposed are short-range nonbonded interactions, using <br>&gt; energygrps.<br>&gt; You might be able to extract forces on subsets of atoms using <br>&gt; g_traj, if you've saved forces at suitable intervals (nstfout) <br>&gt; in the .trr file.<br><br>Maybe, but they won't be forces decomposed group-wise. I've not a clue how the pull force relates to the forces on the atoms, but you can probably get group-wise forces by using mdrun -rerun with well-chosen energy groups, energy group exclusions, and nstfout=1. You will likely need several iterates if you want several decomposed terms.<br><br>Mark<br><br>&gt; &gt;2010/10/12 Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu <br>&gt; &lt;mailto:jalemkul@vt.edu&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Петр Попов wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hello dear gmx-users!<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; So, I run md and got <br>&gt; all files md.cpt, .trr, .gro, mdf.xvg,... etc.<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; then I did: grompp_d <br>&gt; -f sp.mdp -c md.gro -n index.ndx -p<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.top -o sp.tpr<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; where sp.mdp differ <br>&gt; from md.mdp in one line: energygrps =<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein SOL (in <br>&gt; md.mdp: energygrps = System)<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; after that I did: <br>&gt; mdrun_d -s sp.tpr -pf spf -rerun md.trr<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; and got file <br>&gt; spf.xvg, but there was no forces:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; @&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; title "Pull force"<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; @&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; xaxis&nbsp; label "Time (ps)"<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; @&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; yaxis&nbsp; label "Force (kJ/mol/nm)"<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; @TYPE xy<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 0.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 20.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 40.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 60.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 80.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 100.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 120.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 140.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 160.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 180.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; 200.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Also while reading <br>&gt; frame I had a warning:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; WARNING: Some <br>&gt; frames do not contain velocities.<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ekin, temperature and pressure are incorrect,<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the virial will be incorrect when constraints are present.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; But I have no idea <br>&gt; how to fix this.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I'll take a guess, but that's all it will <br>&gt; be.&nbsp; When using mdrun<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -rerun with new energygrps, the only <br>&gt; difference is the terms that<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; are written to the .edr file.&nbsp; You will <br>&gt; not get a different<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pullf.xvg file.&nbsp; The pull force between <br>&gt; two groups is independent of<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the groups you've set for simple output <br>&gt; control, anyway.&nbsp; That's all<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; that energygrps will do for you - decompose <br>&gt; nonbonded terms between<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the selected groups.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Probably the pull code is dependent upon <br>&gt; some of the missing terms.<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; From the warning you get, I suspect <br>&gt; that you didn't save velocities<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the .trr file, so some energy terms will <br>&gt; be incorrect, as you're<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; being told.&nbsp; I doubt, however, that <br>&gt; even if you had velocities, the<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pullf.xvg file would change.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -Justin<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Help me, please.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sincerely.<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Petr.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; ========================================&gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Justin A. Lemkul<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ph.D. Candidate<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Department of Biochemistry<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Virginia Tech<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Blacksburg, VA<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; jalemkul[at]vt.edu &lt;http://vt.edu&gt; | <br>&gt; (540) 231-9080<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin&gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ========================================<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing <br>&gt; list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please search the archive at<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to <br>&gt; the list. Use the www<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; interface or send it to gmx-users-<br>&gt; request@gromacs.org&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:gmx-users-<br>&gt; request@gromacs.org&gt;.&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can't post? Read <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists