<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

</head>

<body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

<pre>Sanku,

This is not possible using g_energy or any other gromacs tool that I am aware of.

You must calculate the temperature derivative of the free energy.

See, for example, equation 16 in Pettitt BM, Rossky PJ. J Chem Phys. 1986;84:5836

-- original message --

Hi,

I am studying Potential of mean force(PMF) of association of two peptides.  I 

want to decompose the  PMF into energy(enthalpy) and entropic terms. But, I have 

some queries on how to extract those contributions .

 I found, in  literature, generally, people try to get the energy(enthalpy) 

first and then subtract it from PMF to get the entropic contribution. My 

question is related to how to get the energy term first:

1. Will it be appropriate to just use g_energy tool on ener.edr file for each 

windows obtained from umbrella sampling  and select the 'potential energy' 

functionality term to get the <b class="moz-txt-star"><span

 class="moz-txt-tag">*</span>average potential energy<span

 class="moz-txt-tag">*</span></b> for each windows ? 

I used energy groups = system  in the .mdp file for each windows of my umbrella 

sampling simulations.

2. If it is so, now I wonder whether  g_energy will give that potental energy 

<b class="moz-txt-star"><span class="moz-txt-tag">*</span>in presence of umbrella bias<span

 class="moz-txt-tag">*</span></b> .  If it is true, do one need to first unbias the 

energy some how ( like using a boltzman factor) ?  However, I do not how to do 

that. 

if you provide  any ideas, that will be great . 

Here is the details on what I have done to get the PMF .

 I am studying Potential of mean force(PMF) of association of two peptides. For 

this purpose , I have carried out GROMACS 4.0.7 umbrella sampling simulation by 

dividing the reaction coordinate( i.e distance between center of mass of two 

peptides) into around 25 windows of 0.1 nm separation.  Now, I have used WHAM 

and got the PMF by unbiasing the umbrella potential.

Sanku

</pre>

</body>

</html>