<DIV>Hi,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I want to simulate two seperate peptids in one box. However, when I use pdb2gmx to build the top file of this system, I found that gromacs thought there is only one peptide because it added bond, angle&nbsp;and other energy terms&nbsp;between the termius of these two peptides. Is there any way to prevent this problem, or I need to change the top file by hand? Thanks a lot.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Sincerely,</DIV>
<DIV>Qian</DIV>