<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:'times new roman', 'new york', times, serif;font-size:12pt"><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: times, serif; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Chris,</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I am aware of that paper by Pettit and Rossky where the suggested method is to get the entropy first by taking temperature derivative and substract that from PMF to get the enthalpy contribution &nbsp;.&nbsp;</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">BUT, also if you look at the recent paper &nbsp; by Berk Hess , &nbsp;J.Phys.chem B , 2010;114:11093 , you will find that ( figure 4 in page 11096 of that article) , Berk calculates average&nbsp;<span class="yshortcuts" id="lw_1286996262_0"
 style="color: rgb(54, 99, 136); border-bottom-style: dotted; border-bottom-width: 2px; border-bottom-color: rgb(54, 99, 136); cursor: pointer; ">potential energy</span>&nbsp;first and then substract that from PMF to get the entropy. &nbsp;This is only one instance. There is also some other papers where they have first got the average energy .</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">&nbsp;In that case, My question was that in gromacs, is it synonymous to using g_energy to get the potential energy of each windows &nbsp; and then substract that from PMF to get the entropic part? If so, does one need to unbias the energy ( because of presence of biasing potential ) ? &nbsp;</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px;
 margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Can you clarify and provide any other opinion ?</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Also, I did not understand David's comments: why it will work for constraints but not for umbrella sampling ?</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Sanku</div></span></div><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><br><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Chris Neale &lt;chris.neale@utoronto.ca&gt;<br><b><span style="font-weight:
 bold;">To:</span></b> gmx-users@gromacs.org<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Wed, October 13, 2010 1:30:31 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> [gmx-users] free energy decomposition<br></font><br>




 


<pre>Sanku,

This is not possible using g_energy or any other gromacs tool that I am aware of.
You must calculate the temperature derivative of the free energy.
See, for example, equation 16 in Pettitt BM, Rossky PJ. J Chem Phys. 1986;84:5836

-- original message --

Hi,

I am studying Potential of mean force(PMF) of association of two peptides.  I 
want to decompose the  PMF into energy(enthalpy) and entropic terms. But, I have 
some queries on how to extract those contributions .
 

 I found, in  literature, generally, people try to get the energy(enthalpy) 
first and then subtract it from PMF to get the entropic contribution. My 
question is related to how to get the energy term first:

1. Will it be appropriate to just use g_energy tool on ener.edr file for each 
windows obtained from umbrella sampling  and select the 'potential energy' 
functionality term to get the <b class="moz-txt-star"><span class="moz-txt-tag">*</span>average potential energy<span class="moz-txt-tag">*</span></b> for each windows ? 
I used energy groups = system  in the .mdp file for each windows of my umbrella 
sampling simulations.

2. If it is so, now I wonder whether  g_energy will give that potental energy 
<b class="moz-txt-star"><span class="moz-txt-tag">*</span>in presence of umbrella bias<span class="moz-txt-tag">*</span></b> .  If it is true, do one need to first unbias the 
energy some how ( like using a boltzman factor) ?  However, I do not how to do 
that. 

if you provide  any ideas, that will be great . 

Here is the details on what I have done to get the PMF .
  
 I am studying Potential of mean force(PMF) of association of two peptides. For 
this purpose , I have carried out GROMACS 4.0.7 umbrella sampling simulation by 
dividing the reaction coordinate( i.e distance between center of mass of two 
peptides) into around 25 windows of 0.1 nm separation.  Now, I have used WHAM 
and got the PMF by unbiasing the umbrella potential.

Sanku

</pre>


</div></div><div style="position:fixed"></div>


</div><br>







      </body></html>