<DIV>Hi,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks. Now I add&nbsp;TER after every peptide coordinates.&nbsp;But then when I used&nbsp;the command pdb2gmx -chainsep, it said "invalid command line argument: -chainsep". So I am wondering the version I use is different or something. My version is gromacs 4.0.7. </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Sincerely,</DIV>
<DIV>Qian<BR><BR>----- Original Message -----<BR>From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<BR>Date: Wednesday, October 13, 2010 2:08 am<BR>Subject: Re: [gmx-users] top file for two seperate peptides<BR>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR><BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; Qian Wang wrote:<BR>&gt; &gt;Hi,<BR>&gt; &gt; I want to simulate two seperate peptids in one box. However, <BR>&gt; when I use pdb2gmx to build the top file of this system, I found <BR>&gt; that gromacs thought there is only one peptide because it added <BR>&gt; bond, angle and other energy terms between the termius of these <BR>&gt; two peptides. Is there any way to prevent this problem, or I <BR>&gt; need to change the top file by hand? Thanks a lot.<BR>&gt; <BR>&gt; When pdb2gmx processes an input coordinate file, it will assume <BR>&gt; the amino acid sequence is one continuous protein unless you <BR>&gt; have either TER delimiters between the chains or the chain ID <BR>&gt; (A, B, C...) changes.&nbsp; Then apply the appropriate option to <BR>&gt; pdb2gmx -chainsep.<BR>&gt; <BR>&gt; -Justin<BR>&gt; <BR>&gt; &gt; Sincerely,<BR>&gt; &gt;Qian<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; <BR>&gt; -- <BR>&gt; ========================================<BR>&gt; <BR>&gt; Justin A. Lemkul<BR>&gt; Ph.D. Candidate<BR>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<BR>&gt; MILES-IGERT Trainee<BR>&gt; Department of Biochemistry<BR>&gt; Virginia Tech<BR>&gt; Blacksburg, VA<BR>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>&gt; <BR>&gt; ========================================<BR>&gt; -- <BR>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at <BR>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</DIV>