<meta charset="utf-8">Dear Florian, thanks again.<br>I have worked with confined systems, where motion <div>in a given direction/plane is preferred. The accuracy of the MSD </div><div>approach for calculating the diffusion coefficient has been </div>
<div>questioned for this my system. So I need to calculate </div><div>D via VACF. Considering my limited abilities to programming </div><div>I wonder if it would be possible to you send me more </div><div>details about the changes that I should implement the program. </div>
<div><br></div><div>Any help will be very useful!<div>Bests</div><div>eef</div><div>_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<div>Física da Matéria Condensada</div><div>Simulação Computacional de Nano-estruturas via Dinâmica Molecular</div>
<div><br></div><br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 14 Oct 2010 17:22:38 +0200<br>
From: Florian Dommert &lt;<a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Re: g_velacc problem (Florian Dommert)<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4CB7203E.1020307@icp.uni-stuttgart.de">4CB7203E.1020307@icp.uni-stuttgart.de</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
<br>
-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----<br>
Hash: SHA1<br>
<br>
On 10/14/2010 04:41 PM, Eudes Fileti wrote:<br>
&gt; Dear Florian, thanks for the help. I wonder just one more thing.<br>
&gt; Is it possible to obtain the lateral diffusion coefficient in a specific<br>
&gt; plane (say xy)<br>
&gt; using g_velacc? Or it is only possible with g_msd?<br>
<br>
I am not sure, but the MSD is nothing else than the integrated VACF, so<br>
if you modify the code correspondingly it should work. The modification<br>
shouldn&#39;t be that hard, because you just have to prevent summing up a<br>
certain direction of the velocity.<br>
<br>
/Flo<br>
<br>
&gt; Bests<br>
&gt; eef<br>
&gt; _______________________________________<br>
&gt; Eudes Eterno Fileti<br>
&gt; Física da Matéria Condensada<br>
&gt; Simulação Computacional de Nano-estruturas via Dinâmica Molecular<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
- --<br>
Florian Dommert<br>
Dipl.-Phys.<br>
<br>
Institute for Computational Physics<br>
<br>
University Stuttgart<br>
<br>
Pfaffenwaldring 27<br>
70569 Stuttgart<br>
<br>
Phone: +49(0)711/685-6-3613<br>
Fax:   +49-(0)711/685-6-3658<br>
<br>
EMail: <a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br>
Home: <a href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert" target="_blank">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a><br><font class="Apple-style-span" color="#888888"><font class="Apple-style-span" color="#000000"><br>
</font></font></blockquote></div><br></div></div>