<html><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-15"><META name="Author" content="Novell GroupWise WebAccess"></head><body style='font-family: Tahoma, sans-serif; font-size: 13px; '>Hi,<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I think the PMF is something like PMF = kT ln[g(r)] where g(r) is the radial distribution function from g_rdf.<br><br>Emu<br><br><br><br>&gt;&gt;&gt; Sanku M <msanku65@yahoo.com> 13.10.10 17.35 Uhr &gt;&gt;&gt;<br>
<style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style><div style="font-family: 'times new roman','new york',times,serif; font-size: 12pt;"><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial; font-size: 13px;">Hi,<br><div style="margin: 0px;">I am studying Potential of mean force(PMF) of association of two peptides. &nbsp;I want to decompose the &nbsp;PMF into energy(enthalpy) and entropic terms. But, I have some queries on how to extract those contributions .</div><div style="margin: 0px;">&nbsp;</div><div style="margin: 0px;"><br></div><div style="margin: 0px;">&nbsp;I found, in &nbsp;literature, generally, people try to get the energy(enthalpy) first and then subtract it
 from PMF to get the entropic contribution. My question is related to how to get the energy term first:</div><div style="margin: 0px;"><br></div><div style="margin: 0px;">1. Will it be appropriate to just use g_energy tool on ener.edr file for each windows obtained from umbrella sampling &nbsp;and select the '<span class="yshortcuts" id="lw_1286983971_0" style="border-bottom: 2px dotted rgb(54, 99, 136); color: rgb(54, 99, 136); cursor: pointer;">potential energy</span>' functionality term to get the *average potential energy* for each windows ?&nbsp;</div><div style="margin: 0px;">I used energy groups = system &nbsp;in the .mdp file for each windows of my umbrella sampling simulations.</div><div style="margin: 0px;"><br></div><div style="margin: 0px;">2. If it is so, now I wonder whether &nbsp;g_energy will give that potental energy *in presence of umbrella bias* . &nbsp;If it is true, do one need to first unbias the energy some how ( like using a boltzman factor) ? &nbsp;However, I do not how to do that.&nbsp;</div><div style="margin: 0px;"><br></div><div style="margin: 0px;">if you provide &nbsp;any ideas, that will be great .&nbsp;</div><div style="margin: 0px;"><br></div><div style="margin: 0px;"><div style="margin: 0px;">Here is the
 details on what I have done to get the PMF .</div><div style="margin: 0px;">&nbsp;&nbsp;</div><div style="margin: 0px;">&nbsp;I am studying Potential of mean force(PMF) of association of two peptides. For this purpose , I have carried out GROMACS 4.0.7 umbrella sampling simulation by dividing the reaction coordinate( i.e distance between center of mass of two peptides) into around 25 windows of 0.1 nm separation. &nbsp;Now, I have used WHAM and got the PMF by unbiasing the umbrella potential.</div><div style="margin: 0px;"><br></div><div style="margin: 0px;">Sanku</div></div></span></div><div style="position: fixed;"></div>


</div><br>

      </msanku65@yahoo.com></body></html>