<br>Hi,<div><br></div><div>Thank you for your answer. Unfortunately, I can&#39;t fix my problem. </div><div><br></div><div>I dont know if I&#39;m doing this right, but first I type the line &quot;<i>git clone git://<a href="http://git.gromacs.org/gromacs.git">git.gromacs.org/gromacs.git</a></i>&quot; in the command line. After all the outputs, I tried to run xpm2ps again, but occured the same error. </div>

<div><br></div><div><br></div><div><br><div><div class="gmail_quote">2010/10/15 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<br>
<br>
Maurício Menegatti Rigo wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Hi, <br>
I found the following error when I tried to run xpm2ps.<br>
<br>
<br>
*** glibc detected *** xpm2ps: realloc(): invalid pointer: 0x0000000000dd0541 ***<br>
======= Backtrace: =========<br>
/lib/libc.so.6[0x7f20a53b0dd6]<br>
/lib/libc.so.6(realloc+0x2e1)[0x7f20a53b67e1]<br>
xpm2ps(save_realloc+0x5e)[0x43741e]<br>
xpm2ps[0x42cf24]<br>
xpm2ps(read_xpm_entry+0x2fe)[0x42d88e]<br>
xpm2ps(read_xpm_matrix+0xb2)[0x42eaf2]<br>
xpm2ps(gmx_xpm2ps+0x7a0)[0x41d000]<br>
/lib/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x7f20a5359abd]<br>
xpm2ps[0x412949]<br>
======= Memory map: ========<br>
00400000-005e3000 r-xp 00000000 fc:03 7799252                            /usr/local/gromacs/bin/xpm2ps<br>
007e2000-007e3000 r-xp 001e2000 fc:03 7799252                            /usr/local/gromacs/bin/xpm2ps<br>
007e3000-007e9000 rwxp 001e3000 fc:03 7799252                            /usr/local/gromacs/bin/xpm2ps<br>
007e9000-007ea000 rwxp 00000000 00:00 0 00dce000-00def000 rwxp 00000000 00:00 0                                  [heap]<br>
7f20a5124000-7f20a513a000 r-xp 00000000 fc:03 17400029                   /lib/libgcc_s.so.1<br>
7f20a513a000-7f20a5339000 ---p 00016000 fc:03 17400029                   /lib/libgcc_s.so.1<br>
7f20a5339000-7f20a533a000 r-xp 00015000 fc:03 17400029                   /lib/libgcc_s.so.1<br>
7f20a533a000-7f20a533b000 rwxp 00016000 fc:03 17400029                   /lib/libgcc_s.so.1<br></div>
7f20a533b000-7f20a54a1000 r-xp 00000000 fc:03 17400032                   /lib/<a href="http://libc-2.10.1.so" target="_blank">libc-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libc-2.10.1.so" target="_blank">http://libc-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a54a1000-7f20a56a0000 ---p 00166000 fc:03 17400032                   /lib/<a href="http://libc-2.10.1.so" target="_blank">libc-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libc-2.10.1.so" target="_blank">http://libc-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a56a0000-7f20a56a4000 r-xp 00165000 fc:03 17400032                   /lib/<a href="http://libc-2.10.1.so" target="_blank">libc-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libc-2.10.1.so" target="_blank">http://libc-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a56a4000-7f20a56a5000 rwxp 00169000 fc:03 17400032                   /lib/<a href="http://libc-2.10.1.so" target="_blank">libc-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libc-2.10.1.so" target="_blank">http://libc-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a56a5000-7f20a56aa000 rwxp 00000000 00:00 0 7f20a56aa000-7f20a56c1000 r-xp 00000000 fc:03 17400305                   /lib/<a href="http://libpthread-2.10.1.so" target="_blank">libpthread-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libpthread-2.10.1.so" target="_blank">http://libpthread-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a56c1000-7f20a58c0000 ---p 00017000 fc:03 17400305                   /lib/<a href="http://libpthread-2.10.1.so" target="_blank">libpthread-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libpthread-2.10.1.so" target="_blank">http://libpthread-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a58c0000-7f20a58c1000 r-xp 00016000 fc:03 17400305                   /lib/<a href="http://libpthread-2.10.1.so" target="_blank">libpthread-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libpthread-2.10.1.so" target="_blank">http://libpthread-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a58c1000-7f20a58c2000 rwxp 00017000 fc:03 17400305                   /lib/<a href="http://libpthread-2.10.1.so" target="_blank">libpthread-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libpthread-2.10.1.so" target="_blank">http://libpthread-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a58c2000-7f20a58c6000 rwxp 00000000 00:00 0 7f20a58c6000-7f20a58c8000 r-xp 00000000 fc:03 17401201                   /lib/<a href="http://libutil-2.10.1.so" target="_blank">libutil-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libutil-2.10.1.so" target="_blank">http://libutil-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a58c8000-7f20a5ac7000 ---p 00002000 fc:03 17401201                   /lib/<a href="http://libutil-2.10.1.so" target="_blank">libutil-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libutil-2.10.1.so" target="_blank">http://libutil-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a5ac7000-7f20a5ac8000 r-xp 00001000 fc:03 17401201                   /lib/<a href="http://libutil-2.10.1.so" target="_blank">libutil-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libutil-2.10.1.so" target="_blank">http://libutil-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a5ac8000-7f20a5ac9000 rwxp 00002000 fc:03 17401201                   /lib/<a href="http://libutil-2.10.1.so" target="_blank">libutil-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libutil-2.10.1.so" target="_blank">http://libutil-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a5ac9000-7f20a5acb000 r-xp 00000000 fc:03 17400035                   /lib/<a href="http://libdl-2.10.1.so" target="_blank">libdl-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libdl-2.10.1.so" target="_blank">http://libdl-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a5acb000-7f20a5ccb000 ---p 00002000 fc:03 17400035                   /lib/<a href="http://libdl-2.10.1.so" target="_blank">libdl-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libdl-2.10.1.so" target="_blank">http://libdl-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a5ccb000-7f20a5ccc000 r-xp 00002000 fc:03 17400035                   /lib/<a href="http://libdl-2.10.1.so" target="_blank">libdl-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libdl-2.10.1.so" target="_blank">http://libdl-2.10.1.so</a>&gt;<br>


7f20a5ccc000-7f20a5ccd000 rwxp 00003000 fc:03 17400035                   /lib/<a href="http://libdl-2.10.1.so" target="_blank">libdl-2.10.1.so</a> &lt;<a href="http://libdl-2.10.1.so" target="_blank">http://libdl-2.10.1.so</a>&gt;<div class="im">

<br>
7f20a5ccd000-7f20a5d1b000 r-xp 00000000 fc:03 7921041                    /usr/local/lib/libopen-pal.so.0.0.0<br>
7f20a5d1b000-7f20a5f1b000 ---p 0004e000 fc:03 7921041                    /usr/local/lib/libopen-pal.so.0.0.0<br>
7f20a5f1b000-7f20a5f1c000 r-xp 0004e000 fc:03 7921041                    /usr/local/lib/libopen-pal.so.0.0.0<br>
7f20a5f1c000-7f20a5f1e000 rwxp 0004f000 fc:03 7921041                    /usr/local/lib/libopen-pal.so.0.0.0<br>
7f20a5f1e000-7f20a5f41000 rwxp 00000000 00:00 0 7f20a5f41000-7f20a5f89000 r-xp 00000000 fc:03 7921099                    /usr/local/lib/libopen-rte.so.0.0.0<br>
Aborted<br>
<br>
<br>
I note that someone already had the same problem. Could someone tell me if this was fixed? <br>
</div></blockquote>
<br>
There have been several fixes to xpm2ps that are available in the development code.  Try the latest git version to see if you still have the same problem.<br>
<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I&#39;m using the gromacs version 4.5.1, in an i7 processor.<br>
<br>
Thanks in advance,<br>
<br>
--<br>
Maurício M. Rigo<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Maurício Menegatti Rigo<br><br>
</div></div>