<DIV>Dear gmx-users,</DIV>
<DIV>&nbsp; I have added the required residue groups in the rtp file. Then I run the pdb2gmx using the following line for the top file, only to stop at " AtomType 1".&nbsp;No any message is given. I can not think out what is happening at all. Please help me with this problem, thanks a lot. Note that I am using gmx-4.5.</DIV>
<DIV>&nbsp; Chaofu Wu, Dr.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><A href="mailto:xiaowu759@linux-s38y:~/workshop">xiaowu759@linux-s38y:~/workshop</A>&gt; pdb2gmx -f deta.pdb -o deta.gro -p deta.top -i deta.itp -ter<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.5.1&nbsp; (-:</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Aldert van Buuren, Pär Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra, <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Peiter Meulenhoff, <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schultz, <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Uppsala University &amp; The Royal Institute of Technology, Sweden.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <A href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</A> for more information.</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; pdb2gmx&nbsp; (-:</DIV>
<DIV>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------------<BR>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deta.pdb&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr etc.<BR>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deta.gro&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb etc.<BR>&nbsp; -p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deta.top&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<BR>&nbsp; -i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deta.itp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Include file for topology<BR>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; clean.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<BR>&nbsp; -q&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; clean.pdb&nbsp; Output, Opt. Structure file: gro g96 pdb etc.</DIV>
<DIV>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<BR>------------------------------------------------------<BR>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<BR>-[no]version bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print version info and quit<BR>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<BR>-chainsep&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; id_or_ter&nbsp; Condition in PDB files when a new chain and<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; molecule_type should be started: id_or_ter,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; id_and_ter, ter, id or interactive<BR>-ff&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string select&nbsp; Force field, interactive by default. Use -h for<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; information.<BR>-water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; select&nbsp; Water model to use: select, none, spc, spce,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tip3p, tip4p or tip5p<BR>-[no]inter&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the next 8 options to interactive<BR>-[no]ss&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive SS bridge selection<BR>-[no]ter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive termini selection, iso charged<BR>-[no]lys&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Lysine selection, iso charged<BR>-[no]arg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Arganine selection, iso charged<BR>-[no]asp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Aspartic Acid selection, iso charged<BR>-[no]glu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Glutamic Acid selection, iso charged<BR>-[no]gln&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Glutamine selection, iso neutral<BR>-[no]his&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Histidine selection, iso checking<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H-bonds<BR>-angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Minimum hydrogen-donor-acceptor angle for a<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H-bond (degrees)<BR>-dist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Maximum donor-acceptor distance for a H-bond (nm)<BR>-[no]una&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Select aromatic rings with united CH atoms on<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Phenylalanine, Tryptophane and Tyrosine<BR>-[no]ignh&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ignore hydrogen atoms that are in the pdb file<BR>-[no]missing bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Continue when atoms are missing, dangerous<BR>-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be slightly more verbose in messages<BR>-posrefc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; Force constant for position restraints<BR>-vsite&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; none&nbsp;&nbsp;&nbsp; Convert atoms to virtual sites: none, hydrogens<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; or aromatics<BR>-[no]heavyh&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Make hydrogen atoms heavy<BR>-[no]deuterate bool no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Change the mass of hydrogens to 2 amu<BR>-[no]chargegrp bool yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use charge groups in the rtp file<BR>-[no]cmap&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use cmap torsions (if enabled in the rtp file)<BR>-[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Renumber the residues consecutively in the output<BR>-[no]rtpres&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use rtp entry names as residue names</DIV>
<DIV><BR>Select the Force Field:<BR>From current directory:<BR>&nbsp;1: CNT_OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<BR>&nbsp;2: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<BR>From '/usr/local/gromacs/share/gromacs/top':<BR>&nbsp;3: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003)<BR>&nbsp;4: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995)<BR>&nbsp;5: AMBER96 force field (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996)<BR>&nbsp;6: AMBER99 force field (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000)<BR>&nbsp;7: AMBER99SB force field (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)<BR>&nbsp;8: AMBER99SB-ILDN force field (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)<BR>&nbsp;9: AMBERGS force field (Garcia &amp; Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002)<BR>10: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0beta<BR>11: GROMOS96 43a1 force field<BR>12: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)<BR>13: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)<BR>14: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)<BR>15: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)<BR>16: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<BR>17: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using full solvent charges<BR>18: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges<BR>19: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)<BR>20: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR<BR>16</DIV>
<DIV>Using the Oplsaa force field in directory oplsaa.ff</DIV>
<DIV>Opening force field file oplsaa.ff/watermodels.dat</DIV>
<DIV>Select the Water Model:<BR>&nbsp;1: TIP4P&nbsp; TIP 4-point, recommended<BR>&nbsp;2: TIP3P&nbsp; TIP 3-point<BR>&nbsp;3: TIP5P&nbsp; TIP 5-point<BR>&nbsp;4: SPC&nbsp;&nbsp;&nbsp; simple point charge<BR>&nbsp;5: SPC/E&nbsp; extended simple point charge<BR>&nbsp;6: None<BR>6<BR>Opening force field file oplsaa.ff/aminoacids.r2b<BR>Reading deta.pdb...<BR>Read 20 atoms<BR>Analyzing pdb file<BR>Splitting PDB chains based on TER records or changing chain id.<BR>There are 1 chains and 0 blocks of water and 1 residues with 20 atoms</DIV>
<DIV>&nbsp; chain&nbsp; #res #atoms<BR>&nbsp; 1 ' '&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; </DIV>
<DIV>All occupancies are one<BR>Opening force field file oplsaa.ff/atomtypes.atp<BR>Atomtype 1</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>