Dear mohsen ramezanpour<i>
</i><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2">yes. calcium is a typical ligand in my pdb file.I used PRODRG server to make topology file but </font><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
</pre><font size="2"></font><pre style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2">ERRDRG&gt; Too many atoms in this molecule (should be &lt;=300).
PRODRG&gt; Program terminated unsuccessfully, sorry!
</font></pre><br>