Dear justin<br>no,I had not done it.<br>But this two warning are not present in other my molecules,for example I tested another molecule but the massage was:<br><pre>                            defaults to zero instead of generating an error<br>
PRODRG&gt; <br>PRODRG&gt; <br>PRODRG&gt; Starting up PRODRG version 071121.0636<br>PRODRG&gt; PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten<br>PRODRG&gt; and Alexander Schuettelkopf<br>PRODRG&gt; <br>PRODRG&gt; Questions/comments to <a href="mailto:dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk">dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk</a><br>
PRODRG&gt; <br>PRODRG&gt; When using this software in a publication, cite:<br>PRODRG&gt; A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).<br>PRODRG&gt; PRODRG - a tool for high-throughput crystallography<br>PRODRG&gt; of protein-ligand complexes.<br>
PRODRG&gt; Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.<br>PRODRG&gt; <br>PRODRG&gt; <br>PRODRG&gt; PDB mode detected.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>
PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>
PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>
PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>
PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H   from your input.<br>
PRODRG&gt; WARNING: duplicate atom name F   .<br>PRODRG&gt; WARNING: duplicate atom name C   .<br>PRODRG&gt; WARNING: atoms with same name found. Auto-renaming.<br>PRODRG&gt; Molecule complexity index: 2.09.<br>PRODRG&gt;   2 explicit hydrogen(s) added.<br>
PRODRG&gt;  25 bonds                4 ambiguous<br>PRODRG&gt;  36 bond angles         20 ambiguous<br>PRODRG&gt;  18 improper dihedrals   0 ambiguous<br>PRODRG&gt;   7 dihedrals            2 ambiguous<br>PRODRG&gt;   7 partial charges      4 ambiguous<br>
PRODRG&gt; Net charge on molecule:   0.000<br>PRODRG&gt; Using charge groups.<br>PRODRG&gt; Writing GROMACS topology.<br>PRODRG&gt; GROMACS topology quality on 0-10 scale:  5.7<br>GENDRG&gt; Best structure was iteration  931 with   7.66034174<br>
PRODRG&gt; Spawning GROMACS version 3.3.3...<br>PRODRG&gt; RMSD from GROMOS bond ideality (Angstrom) :   0.019<br>PRODRG&gt; RMSD from GROMOS angle ideality (degrees) :   2.332<br>PRODRG&gt; RMSD from GROMOS plane ideality (degrees) :   1.169<br>
PRODRG&gt; Number of improper improper dihedrals     :       0<br>PRODRG&gt; RMSD from starting bonds (Angstrom)  :   0.036<br>PRODRG&gt; RMSD from starting angles (degrees)  :   3.155<br>PRODRG&gt; RMSD from starting planes (degrees)  :   1.494<br>
PRODRG&gt; RMSD from starting coords (Angstrom) :   1.930<br>PRODRG&gt; Writing: SCRHWMMPG<br><font size="5">Unfortunately PRODRG crashed<br><br>beside I have done these 6 month ago.exactly with this molecules and I could recieve zip files from server.<br>
but I can not do the same action with the same files?what do you think?<br><br><br></font>PRODRG&gt; Normal program end</pre><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Oct 16, 2010 at 4:04 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
These error messages are likely more important:<div class="im"><br>
<br>
PRODRG&gt; WARNING: multiplicity of generated molecule is not 1.<br>
PRODRG&gt; WARNING: bond type assignment failed at C13<br>
<br></div>
There is something about the chemical structure involving this atom that PRODRG can&#39;t handle.  Based on the information you&#39;ve provided, however, there&#39;s no real way anyone can give you much advice.  Have you tried drawing the molecule with the JME editor provided by PRODRG instead of using a .pdb file?<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
mohsen ramezanpour wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
actually the final massage was :Unfortunately PRODRG crashed<br>
<br></div><div class="im">
On Sat, Oct 16, 2010 at 11:36 AM, mohsen ramezanpour &lt;<a href="mailto:ramezanpour.mohsen@gmail.com" target="_blank">ramezanpour.mohsen@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:ramezanpour.mohsen@gmail.com" target="_blank">ramezanpour.mohsen@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
    Dear gromacs users<br>
<br>
    I have a pdb file who include protein and a drug.I separated them by<br>
    pymol software and saved them separately.now I want to make topology<br>
    and gro file for it but<br>
    I am facing with this page below.can you guid me?<br>
    thanks in advance.<br>
<br>
    PRODRG&gt; Starting up PRODRG version 071121.0636<br>
    PRODRG&gt; PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten<br>
    PRODRG&gt; and Alexander Schuettelkopf<br></div>
    PRODRG&gt;     PRODRG&gt; Questions/comments to <a href="mailto:dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk" target="_blank">dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk</a> &lt;mailto:<a href="mailto:dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk" target="_blank">dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk</a>&gt;<div>
<div></div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
    PRODRG&gt;     PRODRG&gt; When using this software in a publication, cite:<br>
    PRODRG&gt; A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).<br>
    PRODRG&gt; PRODRG - a tool for high-throughput crystallography<br>
    PRODRG&gt; of protein-ligand complexes.<br>
<br>
<br>
    PRODRG&gt; Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.<br>
    PRODRG&gt;     PRODRG&gt;     PRODRG&gt; PDB mode detected.<br>
    PRODRG&gt; WARNING: deleted hydrogen  H1  from your input.<br>
    PRODRG&gt; Molecule complexity index: 2.17.<br>
<br>
<br>
    PRODRG&gt;   1 explicit hydrogen(s) added.<br>
    PRODRG&gt;  27 bonds                7 ambiguous<br>
    PRODRG&gt;  40 bond angles         18 ambiguous<br>
    PRODRG&gt;  19 improper dihedrals   0 ambiguous<br>
    PRODRG&gt;   9 dihedrals            5 ambiguous<br>
<br>
<br>
    PRODRG&gt;   5 partial charges      0 ambiguous<br>
    PRODRG&gt; Net charge on molecule:   1.000<br>
    PRODRG&gt; Using charge groups.<br>
    PRODRG&gt; WARNING: multiplicity of generated molecule is not 1.<br>
    PRODRG&gt; WARNING: bond type assignment failed at C13  .<br>
<br>
<br>
    PRODRG&gt; Writing GROMACS topology.<br>
    PRODRG&gt; GROMACS topology quality on 0-10 scale:  6.2<br>
    PRODRG&gt; Keeping old coordinates.<br>
    PRODRG&gt; RMSD from GROMOS bond ideality (Angstrom) :   0.038<br>
    PRODRG&gt; RMSD from GROMOS angle ideality (degrees) :   2.230<br>
<br>
<br>
    PRODRG&gt; RMSD from GROMOS plane ideality (degrees) :   0.886<br>
    PRODRG&gt; Number of improper improper dihedrals     :       0<br>
    PRODRG&gt; Writing: SCRHWMMPG<br>
    PRODRG&gt; Normal program end<br>
<br>
    best<br>
    Mohsen<br>
<br>
                <br>
<br></div></div>
    ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
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