<DIV><includetail>Date: Sat, 16 Oct 2010 08:36:00 -0400<BR>From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<BR>Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx stop at "AtomType 1"<BR>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Message-ID: &lt;4CB99C30.50105@vt.edu&gt;<BR>Content-Type: text/plain; charset=x-gbk; format=flowed<BR>Ó¢ÐÛ²»ÔÙ¼Åį wrote:<BR>&gt; Dear gmx-users,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; I have added the required residue groups in the rtp file. Then I run <BR>&gt; the pdb2gmx using the following line for the top file, only to stop at " <BR>&gt; AtomType 1". No any message is given. I can not think out what is <BR>&gt; happening at all. Please help me with this problem, thanks a lot. Note <BR>&gt; that I am using gmx-4.5.<BR><BR>Q: Did you also add an entry in residuetypes.dat and aminoacids.hdb (if necessary)?<BR><BR>-Justin</includetail></DIV>
<DIV></:includetail>&nbsp;</DIV>
<DIV>A: Yes, I added the entry in residuetypes.dat like:</:includetail></DIV>
<DIV>DET Organic<BR><BR>&gt;&nbsp;&nbsp; Chaofu Wu, Dr.<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; xiaowu759@linux-s38y:~/workshop <BR>&gt; &lt;mailto:xiaowu759@linux-s38y:~/workshop&gt;&gt; pdb2gmx -f deta.pdb -o <BR>&gt; deta.gro -p deta.top -i deta.itp -ter<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.5.1&nbsp; (-:<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Aldert van Buuren, Pär Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Peiter Meulenhoff,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schultz,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Uppsala University &amp; The Royal Institute of Technology, Sweden.<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out http://www.gromacs.org for more information.<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; pdb2gmx&nbsp; (-:<BR>&gt; Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<BR>&gt; ------------------------------------------------------------<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deta.pdb&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr etc.<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deta.gro&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb etc.<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; -p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deta.top&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; -i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deta.itp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Include file for topology<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; clean.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; -q&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; clean.pdb&nbsp; Output, Opt. Structure file: gro g96 pdb etc.<BR>&gt; Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<BR>&gt; ------------------------------------------------------<BR>&gt; -[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<BR>&gt; -[no]version bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print version info and quit<BR>&gt; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<BR>&gt; -chainsep&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; id_or_ter&nbsp; Condition in PDB files when a new chain and<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; molecule_type should be started: id_or_ter,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; id_and_ter, ter, id or interactive<BR>&gt; -ff&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string select&nbsp; Force field, interactive by default. Use -h for<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; information.<BR>&gt; -water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; select&nbsp; Water model to use: select, none, spc, spce,<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tip3p, tip4p or tip5p<BR>&gt; -[no]inter&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the next 8 options to interactive<BR>&gt; -[no]ss&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive SS bridge selection<BR>&gt; -[no]ter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive termini selection, iso charged<BR>&gt; -[no]lys&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Lysine selection, iso charged<BR>&gt; -[no]arg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Arganine selection, iso charged<BR>&gt; -[no]asp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Aspartic Acid selection, iso charged<BR>&gt; -[no]glu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Glutamic Acid selection, iso charged<BR>&gt; -[no]gln&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Glutamine selection, iso neutral<BR>&gt; -[no]his&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interactive Histidine selection, iso checking<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H-bonds<BR>&gt; -angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Minimum hydrogen-donor-acceptor angle for a<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H-bond (degrees)<BR>&gt; -dist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Maximum donor-acceptor distance for a H-bond <BR>&gt; (nm)<BR>&gt; -[no]una&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Select aromatic rings with united CH atoms on<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Phenylalanine, Tryptophane and Tyrosine<BR>&gt; -[no]ignh&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ignore hydrogen atoms that are in the pdb file<BR>&gt; -[no]missing bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Continue when atoms are missing, dangerous<BR>&gt; -[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be slightly more verbose in messages<BR>&gt; -posrefc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; Force constant for position restraints<BR>&gt; -vsite&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; none&nbsp;&nbsp;&nbsp; Convert atoms to virtual sites: none, hydrogens<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; or aromatics<BR>&gt; -[no]heavyh&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Make hydrogen atoms heavy<BR>&gt; -[no]deuterate bool no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Change the mass of hydrogens to 2 amu<BR>&gt; -[no]chargegrp bool yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use charge groups in the rtp file<BR>&gt; -[no]cmap&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use cmap torsions (if enabled in the rtp file)<BR>&gt; -[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Renumber the residues consecutively in the <BR>&gt; output<BR>&gt; -[no]rtpres&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use rtp entry names as residue names<BR>&gt; <BR>&gt; Select the Force Field:<BR>&gt;&nbsp; From current directory:<BR>&gt;&nbsp; 1: CNT_OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<BR>&gt;&nbsp; 2: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<BR>&gt;&nbsp; From '/usr/local/gromacs/share/gromacs/top':<BR>&gt;&nbsp; 3: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003)<BR>&gt;&nbsp; 4: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995)<BR>&gt;&nbsp; 5: AMBER96 force field (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996)<BR>&gt;&nbsp; 6: AMBER99 force field (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000)<BR>&gt;&nbsp; 7: AMBER99SB force field (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)<BR>&gt;&nbsp; 8: AMBER99SB-ILDN force field (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, <BR>&gt; 1950-58, 2010)<BR>&gt;&nbsp; 9: AMBERGS force field (Garcia &amp; Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002)<BR>&gt; 10: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0beta<BR>&gt; 11: GROMOS96 43a1 force field<BR>&gt; 12: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)<BR>&gt; 13: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)<BR>&gt; 14: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)<BR>&gt; 15: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)<BR>&gt; 16: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<BR>&gt; 17: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using full solvent charges<BR>&gt; 18: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum <BR>&gt; charges<BR>&gt; 19: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)<BR>&gt; 20: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR<BR>&gt; 16<BR>&gt; Using the Oplsaa force field in directory oplsaa.ff<BR>&gt; Opening force field file oplsaa.ff/watermodels.dat<BR>&gt; Select the Water Model:<BR>&gt;&nbsp; 1: TIP4P&nbsp; TIP 4-point, recommended<BR>&gt;&nbsp; 2: TIP3P&nbsp; TIP 3-point<BR>&gt;&nbsp; 3: TIP5P&nbsp; TIP 5-point<BR>&gt;&nbsp; 4: SPC&nbsp;&nbsp;&nbsp; simple point charge<BR>&gt;&nbsp; 5: SPC/E&nbsp; extended simple point charge<BR>&gt;&nbsp; 6: None<BR>&gt; 6<BR>&gt; Opening force field file oplsaa.ff/aminoacids.r2b<BR>&gt; Reading deta.pdb...<BR>&gt; Read 20 atoms<BR>&gt; Analyzing pdb file<BR>&gt; Splitting PDB chains based on TER records or changing chain id.<BR>&gt; There are 1 chains and 0 blocks of water and 1 residues with 20 atoms<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; chain&nbsp; #res #atoms<BR>&gt;&nbsp;&nbsp; 1 ' '&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20 <BR>&gt; All occupancies are one<BR>&gt; Opening force field file oplsaa.ff/atomtypes.atp<BR>&gt; Atomtype 1<BR>&gt;&nbsp; <BR>&gt; <BR><BR>-- <BR>========================================<BR><BR>Justin A. Lemkul<BR>Ph.D. Candidate<BR>ICTAS Doctoral Scholar<BR>MILES-IGERT Trainee<BR>Department of Biochemistry<BR>Virginia Tech<BR>Blacksburg, VA<BR>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR></DIV></:includetail>