<DIV>Dear gmxers,<BR>&nbsp; Yesterday, I posted a mail titled "pdb2gmx stop at "AtomType 1" " where I mentioned that I used gmx-4.5.1. The resulting problem is again posted below. Today, I turn to the gmx-4.0.7, and use the same pdb and&nbsp;rtp files&nbsp;with the name modified to compatible to the version. Strangely, it is found that the pdb2gmx of this version can generate the top file without any errors. Could you give me clues to why the latest version can not whereas the older version can? To get the clear help, my pdb and rtp files are also posted below. Thanks a lot for any reply.</DIV>
<DIV>Chaofu Wu, Dr.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>My command line and the screen output:<BR><A href="mailto:xiaowu759@linux-s38y:~/workshop">xiaowu759@linux-s38y:~/workshop</A>&gt; pdb2gmx -f deta.pdb -o deta.gro -p deta.top -i deta.itp -ter<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.5.1&nbsp; (-:<BR>......<BR>Opening force field file oplsaa.ff/aminoacids.r2b<BR>Reading deta.pdb...<BR>Read 20 atoms<BR>Analyzing pdb file<BR>Splitting PDB chains based on TER records or changing chain id.<BR>There are 1 chains and 0 blocks of water and 1 residues with 20 atoms<BR>&nbsp; chain&nbsp; #res #atoms<BR>&nbsp; 1 ' '&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; <BR>All occupancies are one<BR>Opening force field file oplsaa.ff/atomtypes.atp<BR>Atomtype 1</DIV>
<DIV><BR>My pdb file:<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N1&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.199&nbsp;&nbsp; 1.343&nbsp;&nbsp; 0.334&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C2&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.582&nbsp;&nbsp; 0.639&nbsp;&nbsp; 1.470&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C3&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.897&nbsp;&nbsp; 1.462&nbsp;&nbsp; 2.593&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; N4&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.194&nbsp;&nbsp; 0.615&nbsp;&nbsp; 3.574&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C5&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.373&nbsp;&nbsp; 1.331&nbsp;&nbsp; 4.566&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; C6&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.520&nbsp;&nbsp; 0.397&nbsp;&nbsp; 5.464&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; N7&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.684&nbsp;&nbsp; 1.133&nbsp;&nbsp; 6.432&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; H12 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.614&nbsp;&nbsp; 2.067&nbsp; -0.035&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; H11 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.128&nbsp;&nbsp; 1.694&nbsp;&nbsp; 0.483&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; H22 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.826&nbsp; -0.053&nbsp;&nbsp; 1.056&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; H21 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.345&nbsp; -0.016&nbsp;&nbsp; 1.926&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; H31 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.628&nbsp;&nbsp; 2.144&nbsp;&nbsp; 3.065&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; H32 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.141&nbsp;&nbsp; 2.116&nbsp;&nbsp; 2.124&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; H41 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.854&nbsp;&nbsp; 0.018&nbsp;&nbsp; 4.043&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; H51 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.980&nbsp;&nbsp; 2.003&nbsp;&nbsp; 5.204&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; H52 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.679&nbsp;&nbsp; 1.992&nbsp;&nbsp; 4.016&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; H62 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.857&nbsp; -0.180&nbsp;&nbsp; 4.795&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; H61 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.188&nbsp; -0.346&nbsp;&nbsp; 5.939&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; H72 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.023&nbsp;&nbsp; 0.541&nbsp;&nbsp; 6.916&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; H71 MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.253&nbsp;&nbsp; 1.554&nbsp;&nbsp; 7.143&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>TER</DIV>
<DIV>My rtp file:<BR>[ DET ]<BR>&nbsp;[ atoms ]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_900&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; H11&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.360&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; H12&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.360&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_906&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; H21&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp; H22&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_907&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp; H31&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp; H32&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N4&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_901&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.780&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp; H41&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_910&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_907&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp; H51&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp; H52&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_906&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>&nbsp;&nbsp; H61&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>&nbsp;&nbsp; H62&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N7&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_900&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>&nbsp;&nbsp; H71&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.360&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>&nbsp;&nbsp; H72&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_909&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.360&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>&nbsp;[ bonds ]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp; H11<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp; H12<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; H21<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; H22<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; H31<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; H32<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp; N4<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N4&nbsp;&nbsp; H41<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N4&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp; H51<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp; H52<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; H61<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; H62<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp; N7<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N7&nbsp;&nbsp; H71<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N7&nbsp;&nbsp; H72<BR></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>