Dear Mark<br><br>I generated the topology using pdb2gmx using dce.pdb. i checked the .top file and i contains necessary .itp files. the error message that i get is given below. any help is highly appreciated.<br><br>Program grompp, VERSION 4.0.7<br>
Source code file: toppush.c, line: 620<br><br>Fatal error:<br>Unknown bond_atomtype CLAA<br><br>Regards<br>Vinoth<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 18, 2010 at 5:12 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

  
    
  
  <div bgcolor="#ffffff" text="#000000"><div><div></div><div class="h5">
    On 18/10/2010 10:31 PM, vinothkumar mohanakrishnan wrote:
    <blockquote type="cite"> Hi all<br>
      <br>
      i added new atomtype for dichloroethane (DCE) and added the
      corresponding parameters in the .rtp, .atp, .bon.itp, .nb.itp
      respectively. given below are my additions to the corresponding
      files respectively.<br>
      <br>
      <b>ffoplsaa.rtp</b><br>
      <br>
      [ DCE ]<br>
       [ atoms ]<br>
       CLAA opls_967 -0.2270  1<br>
       CAB  opls_966  0.2270  1<br>
       CAC  opls_966  0.2270  2<br>
       CLAD opls_967 -0.2270  2<br>
      <br>
      [ bonds ]<br>
       CLAA    CAB<br>
       CAB    CAC<br>
       CAC    CLAD<br>
      <br>
      [ angles ]<br>
       CLAA    CAB    CAC<br>
       CAB    CAC    CLAD<br>
      <br>
      [ dihedrals ]<br>
       CLAA    CAB    CAC    CLAD<br>
      <br>
      <b>ffoplsaa.atp</b><br>
      <br>
       opls_966   14.02700  ; CH2 for DCE<br>
       opls_967   35.45300  ; CL for DCE<br>
      <br>
      <b>ffoplsaabon.itp</b><br>
      <br>
      [bondtypes]<br>
      CLAA  CAB     1    0.17870   194137.6   ; CL-CH2 for DCE<br>
      CAB   CAC     1    0.15300   259408.0   ; CH2-CH2 for DCE<br>
      CAC   CLAD    1    0.17870   194137.6   ; CL-CH2 for DCE<br>
      <br>
      [angletypes]<br>
      CLAA  CAB   CAC       1   108.200    368.192   ; C-C-CL for DCE<br>
      CAB   CAC   CLAD      1   108.200    368.192   ; C-C-CL for DCE<br>
      <br>
      [dihedraltypes]<br>
      CLAA   CAB     CAC   CLAD     3     20.76096  -0.4184   27.011904 
      0.00000   0.00000   0.00000 ; for DCE<br>
      <br>
      <b>ffoplsaanb.itp</b><br>
      <br>
      opls_966   CAB    6    14.02700    0.227       A    3.98000e-01 
      4.76976e-01 ; CH2 of DCE<br>
      opls_967   CLAA   17   35.45300   -0.227       A    3.16000e-01 
      0.20920e+01 ; Cl of DCE<br>
      <br>
      <b>dce.pdb</b><br>
      <br>
      HETATM    1 CLAA DCE     1       6.300  -2.280   1.360  1.00
      20.00            CL<br>
      HETATM    2  CAB DCE     1       5.060  -3.540   1.500  1.00
      20.00             C<br>
      HETATM    3  CAC DCE     1       4.320  -3.740   0.170  1.00
      20.00             C<br>
      HETATM    4 CLAD DCE     1       3.270  -2.350  -0.210  1.00
      20.00            CL<br>
      <br>
      After adding all this, when i run grompp i get the error as <b>fatal
        error Unknown bond_atomtype CLAA</b>. can any one tell me why
      this happens?.<br>
    </blockquote>
    <br></div></div>
    I can&#39;t tell until I know how you&#39;ve invoked grompp, and how you
    generated the .top file it needs, and which line of that .top grompp
    doesn&#39;t like. When asking for help, please copy and paste all your
    relevant commands, and any error messages in full, and any relevant
    chunk of the .top. Check whether that .top file is #including the
    correct .itp files.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>