<div>Hi all,</div>
<div> </div>
<div>I am using CHARMM forcefield with tables for Protein SOL interactions for alanine dipeptide. </div>
<div>Tables supplied: table.xvg, table_Protein_SOL.xvg, tablep.xvg (Standard tables for 6-12 interactions used)</div>
<div>Combination rule changed from &#39;2&#39; to &#39;1&#39; in forcefield.itp file.</div>
<div> </div>
<div>In the energy minimization step, using mdrun the following problem is encountered:</div>
<div> </div>
<div>Polak-Ribiere Conjugate Gradients:<br>   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+00<br>   Number of steps    =        10000<br>   F-max             =  2.98523e+10 on atom 4<br>   F-Norm            =  1.32072e+09</div>
<div><br>step -1: Water molecule starting at atom 1149 can not be settled.<br>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>title           = Energy Minimization   ; Title of run</div>


<div>; The following line tell the program the standard locations where to find certain files<br>cpp             = /lib/cpp      ; Preprocessor</div>
<div>; Define can be used to control processes<br>;define          = -DFLEXIBLE<br>define          = -DPOSRES</div>
<div>; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>integrator      = cg            ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>emtol           = 1.0           ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1.0 kJ/mol<br>

nsteps          = 10000         ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br>nstenergy       = 10000         ; Write energies to disk every nstenergy steps<br>energygrps      = Protein SOL<br>energygrp_table = Protein SOL</div>


<div>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>ns_type         = grid          ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>coulombtype     = User  ; Treatment of long range electrostatic interactions<br>

rcoulomb        = 1.0           ; long range electrostatic cut-off<br>rvdw            = 1.0           ; long range Van der Waals cut-off<br>constraints     = none          ; Bond types to replace by constraints<br>pbc             = xyz           ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br>

<br clear="all"></div>
<div> </div>
<div>Any suggestions?</div>
<div> </div>
<div>Pooja</div>
<div> </div>
<div><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br></div>