<br><div>Hi</div><div><br></div><div>From David =&gt; </div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">&quot;dipole is 48.0 sum of q_i x_i, therefore if you<br>
have large charge separation you will get a large dipole.&quot;</span></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">1. What does the coefficient 48.0 represent?</span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">2. Is q_i = partial charge or charge on the atoms / united atoms?</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">3. Is x_i = the distance between the mass center of atom from the mass center of the molecule?</span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">4. What does the large charge separation mean?  Do you mean the charged molecule?  Or, Do you mean the molecule with a long carbon chain? </span></font></div>
<div><br></div><div><br></div><div>Thank you</div><div>Lin</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">On 2010-10-18 03.30, Chih-Ying Lin wrote:<br>
&gt; HI<br>&gt; I confined one molecule in the center of box and issue the g_dipole command.<br>&gt; The average dipole moment is still around 32.<br>&gt; It is the molecule with 33 atoms / united atoms of most carbon groups,<br>
&gt; isn&#39;t the dipole moment around 32 too high?<br>&gt; How can I test next  and  know that the dipole moment around 32 is<br>&gt; acceptable?<br>By calculating on paper: dipole is 48.0 sum of q_i x_i, therefore if you<br>
have large charge separation you will get a large dipole.<br><br>&gt; Thank you<br>&gt; Lin<br>&gt; On 2010-10-16 21.36, Chih-Ying Lin wrote:<br>&gt;  &gt;<br>&gt;  &gt; Hi<br>&gt;  &gt; I issue the g_dipole command on Gromacs =&gt; And, the following<br>
&gt;  &gt; information is shown.<br>&gt;  &gt; There are 10 molecules in the selection,<br>&gt;  &gt; Does the Average =32.1611 refer to the average for a single over the<br>&gt;  &gt; simulation time?<br>&gt;  &gt; Or, the Average = 32.1611 summing for all the 10 molecules over the<br>
&gt;  &gt; simulation time?<br>&gt;  &gt; If the average = 32.1611 for a single molecule with 33 atoms / united<br>&gt;  &gt; atoms of most carbon groups, isn&#39;t the dipole moment too high?<br>&gt; I think this is the average per molecule. You may need to run trjconv<br>
&gt; -pbc whole, because mdrun may break molecules in two parts, meaning that<br>&gt; the molecule becomes as big as the box.<br>&gt;<br>&gt;  &gt;<br>&gt;  &gt;<br>&gt;  &gt;<br>&gt;  &gt;<br>&gt;  &gt; What does &quot;will subtract their charge at their center of mass&quot;  this<br>
&gt; mean?<br>&gt;  &gt; Why &quot;will subtract their charge at their center of mass&quot;  ?<br>&gt;  &gt;<br>&gt;  &gt;<br>&gt;  &gt;</span></div>