<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    On 18/10/2010 10:31 PM, vinothkumar mohanakrishnan wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTikyK+acQAWi2e=g1W_9WOPo+AD3H8o1tCeb=uc3@mail.gmail.com"
      type="cite"> Hi all<br>
      <br>
      i added new atomtype for dichloroethane (DCE) and added the
      corresponding parameters in the .rtp, .atp, .bon.itp, .nb.itp
      respectively. given below are my additions to the corresponding
      files respectively.<br>
      <br>
      <b>ffoplsaa.rtp</b><br>
      <br>
      [ DCE ]<br>
      &nbsp;[ atoms ]<br>
      &nbsp;CLAA opls_967 -0.2270&nbsp; 1<br>
      &nbsp;CAB&nbsp; opls_966&nbsp; 0.2270&nbsp; 1<br>
      &nbsp;CAC&nbsp; opls_966&nbsp; 0.2270&nbsp; 2<br>
      &nbsp;CLAD opls_967 -0.2270&nbsp; 2<br>
      <br>
      [ bonds ]<br>
      &nbsp;CLAA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAB<br>
      &nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC<br>
      &nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLAD<br>
      <br>
      [ angles ]<br>
      &nbsp;CLAA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC<br>
      &nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLAD<br>
      <br>
      [ dihedrals ]<br>
      &nbsp;CLAA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLAD<br>
      <br>
      <b>ffoplsaa.atp</b><br>
      <br>
      &nbsp;opls_966&nbsp;&nbsp; 14.02700&nbsp; ; CH2 for DCE<br>
      &nbsp;opls_967&nbsp;&nbsp; 35.45300&nbsp; ; CL for DCE<br>
      <br>
      <b>ffoplsaabon.itp</b><br>
      <br>
      [bondtypes]<br>
      CLAA&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.17870&nbsp;&nbsp; 194137.6&nbsp;&nbsp; ; CL-CH2 for DCE<br>
      CAB&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15300&nbsp;&nbsp; 259408.0&nbsp;&nbsp; ; CH2-CH2 for DCE<br>
      CAC&nbsp;&nbsp; CLAD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.17870&nbsp;&nbsp; 194137.6&nbsp;&nbsp; ; CL-CH2 for DCE<br>
      <br>
      [angletypes]<br>
      CLAA&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 108.200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 368.192&nbsp;&nbsp; ; C-C-CL for DCE<br>
      CAB&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp; CLAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 108.200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 368.192&nbsp;&nbsp; ; C-C-CL for DCE<br>
      <br>
      [dihedraltypes]<br>
      CLAA&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp; CLAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.76096&nbsp; -0.4184&nbsp;&nbsp; 27.011904&nbsp;
      0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000 ; for DCE<br>
      <br>
      <b>ffoplsaanb.itp</b><br>
      <br>
      opls_966&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.02700&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.227&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.98000e-01&nbsp;
      4.76976e-01 ; CH2 of DCE<br>
      opls_967&nbsp;&nbsp; CLAA&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 35.45300&nbsp;&nbsp; -0.227&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.16000e-01&nbsp;
      0.20920e+01 ; Cl of DCE<br>
      <br>
      <b>dce.pdb</b><br>
      <br>
      HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 CLAA DCE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.300&nbsp; -2.280&nbsp;&nbsp; 1.360&nbsp; 1.00
      20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CL<br>
      HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; CAB DCE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.060&nbsp; -3.540&nbsp;&nbsp; 1.500&nbsp; 1.00
      20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>
      HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; CAC DCE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.320&nbsp; -3.740&nbsp;&nbsp; 0.170&nbsp; 1.00
      20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>
      HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 CLAD DCE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.270&nbsp; -2.350&nbsp; -0.210&nbsp; 1.00
      20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CL<br>
      <br>
      After adding all this, when i run grompp i get the error as <b>fatal
        error Unknown bond_atomtype CLAA</b>. can any one tell me why
      this happens?.<br>
    </blockquote>
    <br>
    I can't tell until I know how you've invoked grompp, and how you
    generated the .top file it needs, and which line of that .top grompp
    doesn't like. When asking for help, please copy and paste all your
    relevant commands, and any error messages in full, and any relevant
    chunk of the .top. Check whether that .top file is #including the
    correct .itp files.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>