<br><div><br></div><div>Hi&nbsp;</div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">molecule dipole is 48.0 sum of q_i x_i</span></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">For&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: arial; ">a multiple-atoms molecule, the dipole moment of a covalent bond&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: sans-serif; font-size: 13px; line-height: 19px; ">is a vector, parallel to the bond axis,</span></span></span></font></div>
<div>For a multiple-atoms molecule, which includes a ionic bond,&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">how to determine the direction of ionic bond dipole moment in theory ?</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px;">How does Gromacs determine <span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px; ">the direction of ionic bond dipole moment  ? </span></span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px;"><br>
</span></font></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">Thank you</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">Lin</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px;"><br>
</span></font></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "> </span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px;"><br>
</span></font></div><div><br></div><div><br></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><br></div><div>
<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; "><br>Try&nbsp;<a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Electric_dipole_moment" target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 204); ">http://en.wikipedia.org/wiki/Electric_dipole_moment</a>&nbsp;, you might want<br>
to read the part about calculating dipole moments for an array of point<br>charges, it is not difficult. 33 point charges are doable using pencil<br>and calculator in about 10min. Do not worry about the reference point as<br>
long as your system is neutral, just set it to (0,0,0). Otherwise, take<br>any kind of first year physics book it will contain very similar<br>information.<br><br>On 10/19/2010 05:39 AM, Chih-Ying Lin wrote:<br>&gt;<br>&gt;<br>
&gt; Hi<br>&gt; According to the following website,<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;<a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Bond_dipole_moment" target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 204); ">http://en.wikipedia.org/wiki/Bond_dipole_moment</a><br>
&gt;<br>&gt;<br>&gt; \mu = \delta \, d.<br>&gt; The bond dipole is modeled as +ä &mdash; ä- with a distance /d/ between the<br>&gt; partial charges &lt;<a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Partial_charges" target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 204); ">http://en.wikipedia.org/wiki/Partial_charges</a>&gt; +ä and ä-.<br>
&gt; For a complete molecule the total molecular dipole moment may be<br>&gt; approximated as the vector sum of individual bond dipole moments.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; However, for a molecule of multiple atoms,<br>&gt; There may be more than one bond connected on one atom.<br>
&gt; E<br>&gt; |<br>&gt; B - A - C<br>&gt; partial charge of atom_A = -0.5<br>&gt; partial charge of atom_B = 0.2<br>&gt; partial charge of atom_C = 0.35<br>&gt; partial charge of atom_E = 0.4<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Which partial charges should I use when I calculate bond-dipole-moment<br>
&gt; of A-B ?<br>&gt; Which partial charges should I use when I calculate bond-dipole-moment<br>&gt; of A-C ?<br>&gt; Which partial charges should I use when I calculate bond-dipole-moment<br>&gt; of A-E ?<br>&gt;<br>&gt; Thank you<br>
&gt; Lin<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 2010-10-18 03.30, Chih-Ying Lin wrote:<br>&gt;&gt; &nbsp;HI<br>&gt;&gt; &nbsp;I confined one molecule in the center of box and issue the g_dipole<br>&gt; command.<br>
&gt;&gt; &nbsp;The average dipole moment is still around 32.<br>&gt;&gt; &nbsp;It is the molecule with 33 atoms / united atoms of most carbon groups,<br>&gt;&gt; &nbsp;isn&#39;t the dipole moment around 32 too high?<br>&gt;&gt; &nbsp;How can I test next and know that the dipole moment around 32 is<br>
&gt;&gt; &nbsp;acceptable?<br>&gt; By calculating on paper: dipole is 48.0 sum of q_i x_i, therefore if you<br>&gt; have large charge separation you will get a large dipole.<br>&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp;Thank you<br>&gt;&gt; &nbsp;Lin<br>&gt;&gt; &nbsp;On 2010-10-16 21.36, Chih-Ying Lin wrote:<br>
&gt;&gt; &nbsp;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt; Hi<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt; I issue the g_dipole command on Gromacs =&gt; And, the following<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt; information is shown.<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt; There are 10 molecules in the selection,<br>
&gt;&gt; &nbsp;&gt; Does the Average =32.1611 refer to the average for a single over the<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt; simulation time?<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt; Or, the Average = 32.1611 summing for all the 10 molecules over the<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt; simulation time?<br>
&gt;&gt; &nbsp;&gt; If the average = 32.1611 for a single molecule with 33 atoms / united<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt; atoms of most carbon groups, isn&#39;t the dipole moment too high?<br>&gt;&gt; &nbsp;I think this is the average per molecule. You may need to run trjconv<br>
&gt;&gt; &nbsp;-pbc whole, because mdrun may break molecules in two parts, meaning that<br>&gt;&gt; &nbsp;the molecule becomes as big as the box.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp;&gt; What does &quot;will subtract their charge at their center of mass&quot; this<br>&gt;&gt; &nbsp;mean?<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt; Why &quot;will subtract their charge at their center of mass&quot; ?<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt;<br>&gt;&gt; &nbsp;&gt;<br>
&gt;&gt; &nbsp;&gt;<br>&gt;</span></div>