<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=WordSection1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Look at atom 1149, exactly as the error message has noted.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Is it, or any of it&#8217;s neighbours, not quite where it &#8220;should&#8221;
be?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Catch ya,<br>
<br>
Dr. Dallas Warren<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Medicinal Chemistry and Drug Action<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>,
Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
dallas.warren@monash.edu<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>+61 3 9903 9304<br>
---------------------------------<br>
When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a
nail.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'> <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>
gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b>On
Behalf Of </b>Sai Pooja<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, 19 October 2010 7:26 AM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> [gmx-users] Energy Minimization<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>Hi all,<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>I am using CHARMM forcefield with tables for Protein SOL
interactions for alanine dipeptide.&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Tables supplied: table.xvg, table_Protein_SOL.xvg,
tablep.xvg (Standard tables for 6-12 interactions used)<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Combination rule changed from '2' to '1' in forcefield.itp
file.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>In&nbsp;the energy minimization step, using mdrun the
following problem is encountered:<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Polak-Ribiere Conjugate Gradients:<br>
&nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.00000e+00<br>
&nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
10000<br>
&nbsp;&nbsp;
F-max&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 2.98523e+10 on atom 4<br>
&nbsp;&nbsp;
F-Norm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 1.32072e+09<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><br>
step -1: Water molecule starting at atom 1149 can not be settled.<br>
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.<br>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Energy
Minimization&nbsp;&nbsp; ; Title of run<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>; The following line tell the program the standard locations
where to find certain files<br>
cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
/lib/cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Preprocessor<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>; Define can be used to control processes<br>
;define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DFLEXIBLE<br>
define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>; Parameters describing what to do, when to stop and what to
save<br>
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
cg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>
emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Stop minimization
when the maximum force &lt; 1.0 kJ/mol<br>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
10000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Maximum number of
(minimization) steps to perform<br>
nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
10000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Write energies to disk
every nstenergy steps<br>
energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein SOL<br>
energygrp_table = Protein SOL<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>; Parameters describing how to find the neighbors of each
atom and how to calculate the interactions<br>
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
grid&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Method to
determine neighbor list (simple, grid)<br>
coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = User&nbsp; ; Treatment of long range
electrostatic interactions<br>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; long range
electrostatic cut-off<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; long range
Van der Waals cut-off<br>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
none&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Bond types to
replace by constraints<br>
pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
xyz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Periodic
Boundary Conditions (yes/no)<br>
<br clear=all>
<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Any suggestions?<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Pooja<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><br>
-- <br>
Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>