Hi,<br><br>Is there a way to quantitatively determine, from a trajectory file, 
whether a molecule is interacting with a copy of itself in the adjacent 
box (given that PBC is applied)?  Currently, I&#39;m using VMD - I&#39;ve already loaded the *xtc file into the*gro structure file and viewed the 
&quot;periodic images to draw&quot; under the Periodic tab of Graphical 
Representations.  <br>

<br>But I figure there&#39;s got to be an analytical way to do this, using g_dist or g_mindist?  How the molecule is interacting (with its adjacent copy) is not the primary interest - I just want to know whether interactions among adjacent molecules are occurring.<br>

<br> Does anyone have any ideas?<br><br>Thanks,<br>Lili<br>