Dear Gromacs users<br><br>I want to calculate Gibbs free energy too,but about Protein-drug binding.<br>Please guide more clearly,what texts I need to read for learning how can I do it?<br>Besides,g-energy has an option for estimating free energy from trajectory file(-fee option) <br>
I thought if I had a trajectory file of binding state I could estimate binding free energy by this option.<br>am  I right?<br>does it give me Gibbs free energy?(Is this equall to binding free energy?)<br>thanks in advance<br>
Mohsen<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 19, 2010 at 2:56 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
shahab shariati wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi gromacs users<br>
 Can I use gromacs for obtaining Gibbs free energy of binding of protein and dna?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Yes.  I would suggest you read about potential of mean force calculations.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
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<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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-- <br>
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