Dear Mark<br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">my mean of [when I used trjconv -pbc nojump, I made one group (protein and dna) in index file and I selected that as centering group.] is that <br>
the problem (nonentity of water molecules in interface of protein and dna) was not solved.<br><br>what is your mean of [You might need two passes with trjconv]?<br></pre>