<p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><font size="2"><span style="line-height: 115%;">Hi gromacs
users</span></font></p><p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><font size="2"><span style="line-height: 115%;"><br></span></font></p>

<p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><font size="2"><span style="line-height: 115%;">I study
simulation of protein-dna interaction using gromacs. After full md simulation,
because of diffusion of one strand of dna to edge of box, I used trjconv -f old.xtc
–o new.xtc –s *.tpr -pbc nojump -ur compact –center. By this way my first
problem is solved.</span></font></p>

<p class="MsoListParagraphCxSpFirst" style="text-indent: -0.25in; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2"><span style="line-height: 115%;"><span>1)<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">    </span></span></span><span dir="LTR"></span><span style="line-height: 115%;"><span> </span>Should I use new xtc file for analysis section?</span></font></p>


<p class="MsoListParagraphCxSpLast" style="text-indent: -0.25in; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2"><span style="line-height: 115%;"><span>2)<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">    </span></span></span><span dir="LTR"></span><span style="line-height: 115%;">When I see new
xtc file, there isn’t any water molecule in interface between protein and dna(where
as there were water molecules interface between protein and dna, before full md
simulation). I want to survey water mediated hydrogen bond between protein and
dna. Do –pbc nojump cause to this problem?</span></font></p>