<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Tue, 19 Oct 2010 13:06:42 -0400<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Re: Umbrella sampling with temperature and<br>
        pressure        coupling method problem (Justin A. Lemkul)<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4CBDD022.6020505@vt.edu">4CBDD022.6020505@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
DeChang Li wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     Message: 6<br>
&gt;     Date: Tue, 19 Oct 2010 09:30:47 -0400<br>
&gt;     From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;<br>
&gt;     Subject: Re: [gmx-users] Umbrella sampling with temperature and<br>
&gt;            pressure        coupling method problem<br>
&gt;     To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
&gt;     Message-ID: &lt;<a href="mailto:4CBD9D87.6080404@vt.edu">4CBD9D87.6080404@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:4CBD9D87.6080404@vt.edu">4CBD9D87.6080404@vt.edu</a>&gt;&gt;<br>
&gt;     Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     <a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a> &lt;mailto:<a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a>&gt; wrote:<br>
&gt;      &gt; Use Langevin dynamics (the sd integrator) to control the temperature.<br>
&gt;      &gt; You are sure to get the correct ensemble that way and if you are<br>
&gt;     doing<br>
&gt;      &gt; US then you can not extract dynamics anyway.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Hopefully somebody else can address the pressure coupling for<br>
&gt;     you, but<br>
&gt;      &gt; probably you need to provide more information to get a useful<br>
&gt;     answer there.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     The Berendsen barostat suffers from the same limitations as the<br>
&gt;     thermostat - the<br>
&gt;     pressure distribution does not produce a true NPT ensemble.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;    Whether the correct canonical ensemble (NPT or NVT) is important (or<br>
&gt; indispensable) for umbrella sampling? If I used the weak coupling method<br>
&gt; (Berendsen) to do the simulations, can I extract the PMF from the<br>
&gt; umbrella sampling simulations?<br>
&gt;<br>
<br>
I would think that a proper statistical mechanical ensemble would be considered<br>
indispensable for any simulation.  In my mind, there is no real reason to use<br>
less accurate methods when collecting data.  If your goal is a comparison of<br>
methods, or consistency with other results, sure, then you may have a reason to<br>
use algorithms that may be less than optimal.  For any sensitive thermodynamic<br>
study, I would strongly argue that your potential energy surface needs to be<br>
rigorously correct.<br>
<br>
The point is this.  You have to defend your choices to a skeptical audience<br>
(reviewers).  This is one question that might be asked, and really should be.<br>
Methods should be scrutinized.  So I would ask you this: why perform your<br>
simulations with algorithms that are not as accurate as others, when those<br>
better algorithms are accessible to you and do not harm performance in any<br>
demonstrable way?<br>
<br>
-Justin<br></blockquote><div><br></div><div>        Thank you for your reply! So I will use Nose-Hoover for temperature coupling and Parrinello-Rahman for pressure coupling in the data collection. Anyway,  I may do some simulations with Berendsen method to see if there is any difference in results when using the two coupling methods.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     -Justin<br>
&gt;<br>
&gt;      &gt; -- original message --<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Dear all,<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt;     I want to use umbrella sampling to calculate the PMF of the<br>
&gt;      &gt; conformational transition of a protein. What temperature coupling<br>
&gt;     method<br>
&gt;      &gt; and<br>
&gt;      &gt; pressure coupling method should I use? Berendsen temperature<br>
&gt;     coupling or<br>
&gt;      &gt; Nose-Hoover temperature coupling? Or each one is OK?<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     --<br>
&gt;     ========================================<br>
&gt;<br>
&gt;     Justin A. Lemkul<br>
&gt;     Ph.D. Candidate<br>
&gt;     ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt;     MILES-IGERT Trainee<br>
&gt;     Department of Biochemistry<br>
&gt;     Virginia Tech<br>
&gt;     Blacksburg, VA<br>
&gt;     jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
&gt;     <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;<br>
&gt;     ========================================<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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