<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div><div>Hi all,</div><div><br></div><div>Just as a follow-up on this one: the problem was solved by a correct ordering of the sections in the topology. The SwissParam server (<a href="http://www.swissparam.ch">www.swissparam.ch</a>)&nbsp;works correctly to generate Gromacs topologies for small organic molecules!</div><div><br></div><div>Note that the tutorial has been updated for the case where there is only one protein chain and no ions in your PDB file (the topol.top file looks different).</div><div><br></div><div>Enjoy,</div><div>Michel</div><div><br></div><br><div><div>On 12 oct. 10, at 14:28, <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; color: rgba(0, 0, 0, 0.496094); "><b>From:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></b></span><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; ">Michel Cuendet &lt;<a href="mailto:michel.cuendet@isb-sib.ch">michel.cuendet@isb-sib.ch</a>&gt;<br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; color: rgba(0, 0, 0, 0.496094); "><b>Date:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></b></span><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; ">12 octobre 2010 13:09:22 HAE (ÉUA)<br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; color: rgba(0, 0, 0, 0.496094); "><b>To:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></b></span><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; "><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; color: rgba(0, 0, 0, 0.496094); "><b>Subject:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></b></span><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; "><b>[gmx-users] Re: swiss param query</b><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; color: rgba(0, 0, 0, 0.496094); "><b>Reply-To:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></b></span><span style="font-family: Helvetica; font-size: medium; ">Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></span></div><br><br>Hi Ram,<br><br>Please note that the SwissParam parameters have been tested only with the charmm force field. But this in principle shouldn't prevent you from TRYING to use these parameters (which come from the Merck Molecular Force Field in the first place) with OPLS.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br><br>The error you mention should not happen, because all atomtypes needed by SwissParam should be defined in the ligand.itp file. Are you sure that you included the ligand.itp file exactly at the right place in your topol.top file? It should be done as suggested in the SwissParam tutorial:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br><br><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.swissparam.ch/SwissParam_gromacs_tutorial.html">http://www.swissparam.ch/SwissParam_gromacs_tutorial.html</a><br><br>If you are still encountering problems, please send me your ligand.itp and topol.top files offline.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br><br>Best regards,<br>Michel<br></span></blockquote><blockquote type="cite">On 10/12/2010 11:23 AM,&nbsp;<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&nbsp;wrote:</blockquote><blockquote cite="mid:20101012152327.A2F7425C83@struktbio205.bmc.uu.se" type="cite"><fieldset class="mimeAttachmentHeader"><legend class="mimeAttachmentName">Part 1.2</legend></fieldset><table class="header-part1" width="100%" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td><div class="headerdisplayname" style="display: inline; ">Subject:&nbsp;</div>[gmx-users] swiss param query,</td></tr><tr><td><div class="headerdisplayname" style="display: inline; ">From:&nbsp;</div>ram bio&nbsp;<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:rmbio861@gmail.com">&lt;rmbio861@gmail.com&gt;</a></td></tr><tr><td><div class="headerdisplayname" style="display: inline; ">Date:&nbsp;</div>Tue, 12 Oct 2010 16:32:39 +0200</td></tr></tbody></table><table class="header-part2" width="100%" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td><div class="headerdisplayname" style="display: inline; ">To:&nbsp;</div>Discussion list for GROMACS users&nbsp;<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a></td></tr></tbody></table><br><div class="moz-text-plain" wrap="true" graphical-quote="true" lang="x-western" style="font-family: -moz-fixed; font-size: 12px; "><pre wrap="">Dear Gromacs Users,

I have generated the topology and parameters files for my ligand
through swiss param site. Now i am trying to run a simulation of
protein ligand complex in POPC bilayer using OPLS force field in
Gromacs, but when I am using the grompp command in gromacs for tpr
generation I am getting an error as follows:


Atomtype C5A not found


Please let me know your suggestions, to correct this error, I have
included ligand.itp in the topology file of the protein.

Thanks,

ram

</pre></div></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div>==========================================================</div><div>Michel Cuendet, Ph.D</div><div>Molecular Modeling Group</div><div>Swiss Institute of Bioinformatics</div><div>CH-1015 Lausanne</div><div>Switzerland</div><div><a href="http://lausanne.isb-sib.ch/~mcuendet/">http://lausanne.isb-sib.ch/~mcuendet/</a></div><div>==========================================================</div><div><br class="khtml-block-placeholder"></div><div><br class="khtml-block-placeholder"></div><br class="Apple-interchange-newline"></span></span></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></body></html>