<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Mohsen,<div><br></div><div>The mean energy difference is only one component of the free energy difference.&nbsp;</div><div><br></div><div>Before you go any further I'd suggest reading a good book on molecular simulations, like&nbsp;'Understanding Molecular Simulations' by Frenkel and Smit.&nbsp;</div><div><br></div><div>There's a good reason free energy calculations cover over half of that book.</div><div><br></div><div>Sander</div><div><div><br></div><div><br><div><div>On Oct 21, 2010, at 09:18 , mohsen ramezanpour wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Dear Justin<br><br>If I do&nbsp; two&nbsp; MD simulations for a short time in the same conditions(of course separately for protein and drug)<br>&nbsp;and calculate total energy of each one and sum them with each other as E1 as nonbonding free energy of system.<br>
then a MD simulation for Protein-drug system in the same condition and calculate it's total energy too as E2 as bound system .<br>what does (E1-E2)mean?<br>I think it is binding free energy,Is not it?<br>in the other hand when we are working on NPT ensamble it means Gibbs free energy is the main energy and our total energy is equal to Gibbs free energy.<br>
Then,what is the problem?<br><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 20, 2010 at 3:31 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
mohsen ramezanpour wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Justin<br>
You are right,But I searched in tools and I found g_sham<br>
It is very useful tool for estimating Gibbs free energy,Enthalepy ,<br>
emtropy and ...<br>
I think I can use from that for my calculation of binding free energy(In the other words,del G free energy of system )<br>
how do you think about g_sham?<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
It is not applicable. &nbsp;g_sham simply determines free energies based on histograms of two independent variables. &nbsp;PMF is the appropriate technique for what you want to do. &nbsp;I can see no other effective way to conduct your study using Gromacs.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
<br>
On Wed, Oct 20, 2010 at 2:28 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;mohsen ramezanpour wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Dear Gromacs users<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I want to calculate Gibbs free energy too,but about Protein-drug<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;binding.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please guide more clearly,what texts I need to read for learning<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;how can I do it?<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Look into the literature and nearly any of the popular simulation<br>
 &nbsp; &nbsp;textbooks.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Besides,g-energy has an option for estimating free energy from<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;trajectory file(-fee option)<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I thought if I had a trajectory file of binding state I could<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;estimate binding free energy by this option.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;am &nbsp;I right?<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;does it give me Gibbs free energy?(Is this equall to binding<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;free energy?)<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Never used this option, but from the description of the option, it<br>
 &nbsp; &nbsp;calculates delta(G) relative to an ideal gas state, which sounds<br>
 &nbsp; &nbsp;completely unrelated to what you want to accomplish.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Besides, if g_energy could magically solve this difficult problem,<br>
 &nbsp; &nbsp;no one would bother with more thorough methods, like PMF or<br>
 &nbsp; &nbsp;thermodynamic integration.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-Justin<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;thanks in advance<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Mohsen<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;On Tue, Oct 19, 2010 at 2:56 PM, Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br></div></div><div class="im">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; shahab shariati wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Hi gromacs users<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can I use gromacs for obtaining Gibbs free energy of<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;binding of<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; protein and dna?<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Yes. &nbsp;I would suggest you read about potential of mean force<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; calculations.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -Justin<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -- &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Ph.D. Candidate<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ICTAS Doctoral Scholar<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; MILES-IGERT Trainee<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Blacksburg, VA<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540)<div class="im">
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;231-9080<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -- &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp;Ph.D. Candidate<br>
 &nbsp; &nbsp;ICTAS Doctoral Scholar<br>
 &nbsp; &nbsp;MILES-IGERT Trainee<br>
 &nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br>
 &nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;========================================<br>
 &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
 &nbsp; &nbsp;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>
-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</blockquote></div><br></div></div></body></html>