<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Karel Berka wrote:<br>
&gt; Hi all,<br>
&gt;<br>
&gt; I have detected that preference in reading forcefield files in Gromacs<br>
&gt; 4.5 has probably been changed from Gromacs 4.0.x and older.<br>
&gt; In older gromacs, when there was forcefield with modification present in<br>
&gt; my working directory, then it was read preferentially, but now it seems<br>
&gt; that forcefield is primarily read from /share/top directory - Am I right?<br>
&gt;<br>
<br>
The working directory is still searched first. <br></blockquote><div> </div><div>Unfortunately, it is not, otherwise ff in subdirectory of my working directory would have been first one to use for grompp. </div><div>However, pdb2gmx was working fine for protein and ions around. </div>
<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

&gt; In 4.5.2 I have tried to have modified gromos53a6.ff in my working<br>
&gt; directory, but the modification was not used by gromacs.<br>
&gt;<br>
<br>
What do you mean &quot;not used&quot;?  Was the wrong force field called when using<br>
pdb2gmx?  </blockquote><div><br></div><div><div>I did not used pdb2gmx since I am simulating membrane protein. </div><div>The only place when I needed to include forcefield itp was grompp program in use on computer cluster , where I cannot reach /top directory</div>
</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Gromacs prints a list of force field subdirectories in the working<br>
directory, then in GMXLIB, and allows you to choose.  In the 4.5.x series, you<br>
need a full working subdirectory of the modified force field.<br>
<br></blockquote><div>FF.dat is not used anymore? </div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
-Justin<br></blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br>Zdraví skoro zdravý<br>Karel &quot;Krápník&quot; Berka<br><br>****************************************************************<br>RNDr. Karel Berka, Ph.D.<br>Palacký University in Olomouc<br>

Faculty of Science<br>Department of Physical Chemistry<br>tř. 17. listopadu 1192/12<br>771 46 Olomouc<br>tel: +420-585634769   <br>fax: +420-585634769<br>e-mail: <a href="mailto:karel.berka@upol.cz" target="_blank">karel.berka@upol.cz</a><br>

<br>****************************************************************<br>