<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<div>&nbsp;&nbsp;I have &nbsp;used gromacs 4.0.7 to do &nbsp;MD simulation of two solutes A &amp; B in water ( solvent) .&nbsp;</div><div>Initially, I had set "energy groups = system " and used mdrun to do the simulation.</div><div><br></div><div>Now,I wanted to get the potential energy contribution from due to interaction of &nbsp;A-A, B-B,A-B A-solvent, B-solvent, solvent-solvent.</div><div>For that I followed some discussions in mailing list regarding using mdrun -rerun option:</div><div>This is what I did:</div><div>I used make_ndx and created 3 groups: A, B and solvent. &nbsp;</div><div>Now, I modified the &nbsp;grompp.mdp file so that I have now&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp;energy groups = A B solvent &nbsp;&nbsp;</div><div><br></div><div>Then I used grompp -c conf -f grompp -n index -o topol</div><div><br></div><div>Then I used mdrun -s -rerun
 traj_old.xtc&nbsp;</div><div><br></div><div>( here traj_old.xtc is the old xtc file I obtained during the original mdrun)</div><div><br></div><div>But, now, after using this -rerun option , if I try to use the g_energy on the &nbsp;resulting ener.edr file to obtain the individual potential energy of interaction for A-A, B-B , A-B, A-solvent</div><div>I get following output&nbsp;</div><div><br></div><div><br></div><div>Here is the output from g_energy -f ener.edr :</div><div><br></div><div><div>Select the terms you want from the following list by</div><div>selecting either (part of) the name or the number or a combination.</div><div>End your selection with an empty line or a zero.</div><div>-------------------------------------------------------------------</div><div>&nbsp;&nbsp;1 &nbsp;Bond &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp;Angle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;U-B &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;4
 &nbsp;Ryckaert-Bell.</div><div>&nbsp;&nbsp;5 &nbsp;Improper-Dih. &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;LJ-14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;Coulomb-14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp;LJ-(SR) &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp;9 &nbsp;Coulomb-(SR) &nbsp; &nbsp;10 &nbsp;Coul.-recip. &nbsp; &nbsp;11 &nbsp;Potential &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp;Kinetic-En. &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;13 &nbsp;Total-Energy &nbsp; &nbsp;14 &nbsp;Conserved-En. &nbsp; 15 &nbsp;Temperature &nbsp; &nbsp; 16 &nbsp;Pressure-(bar)</div><div>&nbsp;17 &nbsp;Cons.-rmsd-() &nbsp; 18 &nbsp;Vir-XX &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;19 &nbsp;Vir-XY &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;20 &nbsp;Vir-XZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>&nbsp;21 &nbsp;Vir-YX &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;22 &nbsp;Vir-YY &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;23 &nbsp;Vir-YZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;24 &nbsp;Vir-ZX &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>&nbsp;25 &nbsp;Vir-ZY &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp;26 &nbsp;Vir-ZZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;27 &nbsp;Pres-XX-(bar) &nbsp; 28 &nbsp;Pres-XY-(bar)&nbsp;</div><div>&nbsp;29 &nbsp;Pres-XZ-(bar) &nbsp; 30 &nbsp;Pres-YX-(bar) &nbsp; 31 &nbsp;Pres-YY-(bar) &nbsp; 32 &nbsp;Pres-YZ-(bar)&nbsp;</div><div>&nbsp;33 &nbsp;Pres-ZX-(bar) &nbsp; 34 &nbsp;Pres-ZY-(bar) &nbsp; 35 &nbsp;Pres-ZZ-(bar) &nbsp; 36 &nbsp;#Surf*SurfTen&nbsp;</div><div>&nbsp;37 &nbsp;Mu-X &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;38 &nbsp;Mu-Y &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;39 &nbsp;Mu-Z &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;40 &nbsp;Coul-SR:A-A &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;41 &nbsp;LJ-SR:A-A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 42 &nbsp;Coul-14:A-A &nbsp; &nbsp; 43 &nbsp;LJ-14:A-A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 44 &nbsp;Coul-SR:A-B &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;45 &nbsp;LJ-SR:A-B &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 46 &nbsp;Coul-14:A-B &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;47 &nbsp;LJ-14:A-B &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 48 &nbsp;Coul-SR:A-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;49 &nbsp;LJ-SR:A-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 50 &nbsp;Coul-14:A-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;51 &nbsp;LJ-14:A-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 52 &nbsp;Coul-SR:B-B &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;53 &nbsp;LJ-SR:B-B &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 54 &nbsp;Coul-14:B-B &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;55 &nbsp;LJ-14:B-B &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 56 &nbsp;Coul-SR:B-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;57 &nbsp;LJ-SR:B-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 58 &nbsp;Coul-14:B-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;59 &nbsp;LJ-14:B-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 60 &nbsp;Coul-SR:Solvent-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;61 &nbsp;LJ-SR:Solvent-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 62 &nbsp;Coul-14:Solvent-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;63 &nbsp;LJ-14:Solvent-Solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 64 &nbsp;T-System &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>&nbsp;65
 &nbsp;Xi-System</div></div><div><br></div><div><div>It provides me contribution from each of the energy groups on nonbonding terms: LJ(SR),Coulomb(SR),Coulomb(14),LJ(14) . &nbsp;But, it does NOT provide me their contribution to Bonding term( i.e bond,angle, U-B,RB,improper-Dih) !! &nbsp;</div><div>As a result, I am a not sure how to get the net potential energy from each of the 3 energy groups. Am I doing something wrong ? Do I need to use any other utilities ?</div><div>&nbsp;Any help will be useful.&nbsp;</div></div><div><br></div><div>Jagannath</div><div><br></div></td></tr></table><br>