<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><div>Justin,</div>Thanks &nbsp;for your reply. &nbsp;Then I wonder whether there is any other way out in gromacs to get the net interaction potential energy due to each of the components in a simulations.&nbsp;<div><br></div><div>I am asking this, many times people report the potential energy contribution due to solvent-solvent interaction in a simulation containing solute( say peptide) and solvents and that are also being &nbsp; done in gromacs. I wonder, for those cases, whether just adding the non-bonding interaction will be good enough ? or, there is any other way out ?<div>Jagannath<br><br>--- On <b>Fri, 22/10/10, Justin A. Lemkul <i>&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] problem
 with energy groups and mdrun -rerun option<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Friday, 22 October, 2010, 2:56 AM<br><br><div class="plainMail"><br><br>jagannath mondal wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I have&nbsp; used gromacs 4.0.7 to do&nbsp; MD simulation of two solutes A &amp; B in water ( solvent) . Initially, I had set "energy groups = system " and used mdrun to do the simulation.<br>&gt; <br>&gt; Now,I wanted to get the potential energy contribution from due to interaction of&nbsp; A-A, B-B,A-B A-solvent, B-solvent, solvent-solvent.<br>&gt; For that I followed some discussions in mailing list regarding using mdrun -rerun option:<br>&gt; This is what I did:<br>&gt; I used make_ndx and created 3 groups: A, B and solvent.&nbsp; Now, I modified the&nbsp; grompp.mdp file so that I have now&nbsp;&nbsp;&nbsp;energy groups = A B solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>&gt; Then I used grompp -c conf -f grompp
 -n index -o topol<br>&gt; <br>&gt; Then I used mdrun -s -rerun traj_old.xtc <br>&gt; ( here traj_old.xtc is the old xtc file I obtained during the original mdrun)<br>&gt; <br>&gt; But, now, after using this -rerun option , if I try to use the g_energy on the&nbsp; resulting ener.edr file to obtain the individual potential energy of interaction for A-A, B-B , A-B, A-solvent<br>&gt; I get following output <br>&gt; <br>&gt; Here is the output from g_energy -f ener.edr :<br>&gt; <br>&gt; Select the terms you want from the following list by<br>&gt; selecting either (part of) the name or the number or a combination.<br>&gt; End your selection with an empty line or a zero.<br>&gt; -------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp; Bond&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp; Angle&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3&nbsp; U-B&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4&nbsp;
 Ryckaert-Bell.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5&nbsp; Improper-Dih.&nbsp; &nbsp; 6&nbsp; LJ-14&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7&nbsp; Coulomb-14&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;8&nbsp; LJ-(SR)&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;9&nbsp; Coulomb-(SR)&nbsp; &nbsp; 10&nbsp; Coul.-recip.&nbsp; &nbsp; 11&nbsp; Potential&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;12&nbsp; Kinetic-En.&nbsp; &nbsp; 13&nbsp; Total-Energy&nbsp; &nbsp; 14&nbsp; Conserved-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;15&nbsp; Temperature&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;16&nbsp; Pressure-(bar)<br>&gt;&nbsp; 17&nbsp; Cons.-rmsd-()&nbsp;&nbsp;&nbsp;18&nbsp; Vir-XX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 19&nbsp; Vir-XY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 20&nbsp; Vir-XZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;21&nbsp; Vir-YX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 22&nbsp; Vir-YY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 23&nbsp; Vir-YZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 24&nbsp; Vir-ZX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;25&nbsp; Vir-ZY&nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 26&nbsp; Vir-ZZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 27&nbsp; Pres-XX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;28&nbsp; Pres-XY-(bar)&nbsp; 29&nbsp; Pres-XZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;30&nbsp; Pres-YX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;31&nbsp; Pres-YY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;32&nbsp; Pres-YZ-(bar)&nbsp; 33&nbsp; Pres-ZX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;34&nbsp; Pres-ZY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;35&nbsp; Pres-ZZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;36&nbsp; #Surf*SurfTen&nbsp; 37&nbsp; Mu-X&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 38&nbsp; Mu-Y&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 39&nbsp; Mu-Z&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 40&nbsp; Coul-SR:A-A&nbsp; &nbsp; 41&nbsp; LJ-SR:A-A&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;42&nbsp; Coul-14:A-A&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;43&nbsp; LJ-14:A-A&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;44&nbsp; Coul-SR:A-B&nbsp; &nbsp; 45&nbsp; LJ-SR:A-B&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;46&nbsp;
 Coul-14:A-B&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 47&nbsp; LJ-14:A-B&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;48&nbsp; Coul-SR:A-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 49&nbsp; LJ-SR:A-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;50&nbsp; Coul-14:A-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 51&nbsp; LJ-14:A-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;52&nbsp; Coul-SR:B-B&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 53&nbsp; LJ-SR:B-B&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;54&nbsp; Coul-14:B-B&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 55&nbsp; LJ-14:B-B&nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;56&nbsp; Coul-SR:B-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 57&nbsp; LJ-SR:B-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;58&nbsp; Coul-14:B-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 59&nbsp; LJ-14:B-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;60&nbsp; Coul-SR:Solvent-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 61&nbsp; LJ-SR:Solvent-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;62&nbsp; Coul-14:Solvent-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 63&nbsp; LJ-14:Solvent-Solvent&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;64&nbsp; T-System&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;65&nbsp; Xi-System<br>&gt; <br>&gt; It
 provides me contribution from each of the energy groups on nonbonding terms: LJ(SR),Coulomb(SR),Coulomb(14),LJ(14) .&nbsp; But, it does NOT provide me their contribution to Bonding term( i.e bond,angle, U-B,RB,improper-Dih) !!&nbsp; As a result, I am a not sure how to get the net potential energy from each of the 3 energy groups. Am I doing something wrong ? Do I need to use any other utilities ?<br><br>Using energygrps only allows you to decompose nonbonded interactions.&nbsp; You cannot decompose bonded interactions, potential, kinetic energy, etc.<br><br>-Justin<br><br>&gt;&nbsp; Any help will be useful. <br>&gt; Jagannath<br>&gt; <br>&gt; <br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a
 href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
 target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></div></blockquote></div></div></td></tr></table><br>