Hi,<div><br></div><div>you could find the number of waters around each using g_order. Then you would need to have a small script to combine the two lists to find only the ones close to both.</div><div><br></div><div>Roland<br>

<br><div class="gmail_quote">On Sat, Oct 23, 2010 at 7:47 AM, leila karami <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:karami.leila1@gmail.com">karami.leila1@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Hi gromacs users<br><br>Since I study dynamic of interfacial water molecules between protein and dna, I want to know, is there any keyword in gromacs to obtain number of interfacial water molecules between protein and dna as a function of simulation time? Is there any way which water molecules put in interface between protein and dna?<br>


<br>any help will highly appreciated.<br><br><br><br><br><br><br><br>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>

865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
</div>