Dear Chris<br>Do you mean Gibbs free energy?<br>there are a general relation in statistical mechanics as below:<br>G=E-TS+PV<br>in this relation E is internal energy and S is entropy,then enthalepy is not comming in relation anywhere,<br>
besides there are not any reason for canceling G when Del Del S is canceled<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Oct 24, 2010 at 9:04 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Ehud,<br>
<br>
when computing binding Delta Delta G between two close variants, why would entropy tend to cancel and enthalpy not tend to cancel? Even in the case of small perturbations, this sounds like wishful thinking to me ;)<br>
<br>
Chris.<br>
<br>
-- original message --<br>
<br>
Hi Moshen,<br>
<br>
I think everybody agrees that a full calculation such as Free Energy<br>
Perturbation is the accurate, if difficult and lengthy, approach.<br>
The entropic effects usually cannot simply be ignored. All I tried to<br>
say was that there are approximation schemes for these (see the<br>
reference below). Still, I would trust such approximations only when<br>
computing binding Delta Delta G between two close variants (e.g. a wild<br>
type protein and a one residue mutation) such that most entropic<br>
contributions would tend to cancel.<br>
<br>
Ehud.<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>