Hi all,<br><br>I have some difficulties with understanding the output of g_density command. I have a system composed of two Lennard Jones particles, A and B in a 20.712x20.712x20.712 simulation box. The parameters between the two particles are given such that they do not mix, but they undergo a phase separation. I want to investigate the density profile of the system, and  I used the following command line to do that:<br>
<br>g_density -f traj.xtc -n index.ndx -dens number -sl 100<br><br>The density profile for the two types of particles looks OK except the boundaries of the simulation box. I mean I would not expect to get a number other than 0 at the lower and upper boundaries. I have also searched the mailing list. There was an e-mail similar to that one, but it was not replied. <br>
<br>I have attached the density profile in the attachment. <br><br>Why is it the case?<br><br>Regards<br clear="all"><br>-- <br>Ozge Engin<br><br><br>