<br><br>----- Original Message -----<br>From: vinothkumar mohanakrishnan &lt;kmvinoth@gmail.com&gt;<br>Date: Monday, October 25, 2010 15:57<br>Subject: [gmx-users] Reg; MD of DCE part II<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi gromacians</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I performed md simulation of 108 dichloroethane molecules in isothermal-isobaric ensemble with the box size 3.002*2.17*2.17. after the simulation my box size has changed considerably from the initial size to 2.87882 2.08095 2.08095.why this happens?<br><br>Probably because it was not equilibrated (yet).<br><br></div>  <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>my second question is can i have a control over the box dimensions changes during md (i.e when the box dimensions changes during md i want to change it only on one axis(say x axis)&nbsp;and want to keep the length of the other two axis (say y and z) same as that of my initial box size? any help is highly apprecited.<br><br>Probably you can do what you want. See manual section 3.4.9 and 7.3.15. It's often a good place to search first ;-)<br><br>Mark</div>