<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>I use pdb2gmx command to convert a pdb file to a .gro and .top file(using CHARMM forcefield). For the C terminus, I use the CT3 option which is NCH3. When I use editconf to get a pdbfile from the .gro file generated, the C=0 and the NCH3  seem to clash in space in pymol.</div>


<div> </div>
<div>Is there a way of correcting this?</div>
<div> </div>
<div>Pooja<br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br></div>