<br><br>Hi<br><br>g_rmsf -res yes ?<br><br>g_rmsf -res no ? <br><br><br>should I type &quot;yes&quot; to activate the &quot;average-function&quot;?  <br><br><br>As i tested &quot;g_rmsf -res&quot;, <br>the average is not over time and not over the atoms in the residue.<br>

<br>Anyway, how to activate the &quot;average function&quot; ?<br>Thank you<br>Lin<br><br><br><br>Chih-Ying Lin wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Hi<br>
&gt; g_rmsf -f abc.xtc -s abc.tpr -res -o abcrmsf.xvg<br>
&gt;<br>
&gt;  From manual =&gt; it says   &quot; Calculate averages for each residue  &quot;<br>
&gt;                      =&gt;  does Gromacs do average over time for each<br>
&gt; residue ?<br>
<br>
The average is done over time and over the atoms in the residue.<br>
<br>
&gt;                      =&gt; however, the results did not show difference<br>
&gt; with and without &quot; -res  &quot;<br>
&gt;<br>
<br>
I doubt that.  Without -res, you get RMSF per atom.  With -res, you get RMSF per<br>
residue.  The output is inherently (and necessarily) different.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you<br>
&gt; Lin<br>
&gt;<br>