<br><br>----- Original Message -----<br>From: vinothkumar mohanakrishnan &lt;kmvinoth@gmail.com&gt;<br>Date: Monday, October 25, 2010 18:10<br>Subject: Re: [gmx-users] Reg; MD of DCE part II<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi mark</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>The system was well equiulibrated and the average temperature is 299.18 K&nbsp;and the pressure is 1.25 bar.<br><br>... and this means the system wants to contract (if this is an average pressure you've measured over a meaningful length of time).<br><br>&gt; I checked in the manual (gromacs version 4.0)l and there is no section like 3.4.9 and i as well checked 7.3.15.<br><br>OK, well look up in those chapters what GROMACS will do with pressure coupling (and plan to upgrade GROMACS).<br><br>&gt; i too know that when there is no pressure coupling the box size wont change. what one will do if&nbsp;one wants to do in the&nbsp;NPT ensemble and wants to control the box dimensions?<br><br></div>Given dimensions for a system at a given temperature are only compatible with a certain equilibrium pressure. PV=nRT and all that. You have to equilibrate to your reference pressure before you can expect the volume to stay within a small fluctuation of an average, and cannot choose P, V and T arbitrarily.<br><br>Mark