If the reference structure from which the fluctuations are measured is taken from the -s file (check the documentation or code), then a non-equilibrium trajectory could well have this property w.r.t. a crystal structure.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: Chih-Ying Lin &lt;chihying2008@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, October 26, 2010 15:55<br>Subject: [gmx-users] g_rmsf =&gt; average over # of time frames ???<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi&nbsp;</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>From source code =&gt; gmx_rmsf.c&nbsp;</div><div><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal; color: rgb(137, 19, 21);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>"g_rmsf computes the root mean square fluctuation (RMSF, i.e. standard "<span style="color: rgb(0, 0, 0);">,</span></p>  <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal; color: rgb(137, 19, 21);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; </span>"deviation) of atomic positions "<span style="color: rgb(0, 0, 0);">,</span></p> <br class="Apple-interchange-newline"></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp; &nbsp;<span style="color: rgb(118, 15, 80);">if</span> (devfn) {</p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal; color: rgb(35, 110, 37);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; </span>/* Calculate RMS Deviation */</p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; <span style="color: rgb(118, 15, 80);">for</span>(i=<span style="color: rgb(0, 0, 255);">0</span>;(i&lt;isize);i++) {</p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>        </span>aid = index[i];</p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>        </span><span style="color: rgb(118, 15, 80);">for</span>(d=<span style="color: rgb(0, 0, 255);">0</span>;(d&lt;DIM);d++) {</p>  <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>        </span>&nbsp; rmsd_x[i][d] += sqr(x[aid][d]-xref[aid][d]);</p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>        </span>}</p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; }</p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; }&nbsp;</p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; count += <span style="color: rgb(0, 0, 255);">1.0</span>;</p> <br class="Apple-interchange-newline"></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>rmsf[i] = (rmsd_x[i][XX]+rmsd_x[i][YY]+rmsd_x[i][ZZ])/count;</p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Therefore, g_rmsf is the average of structure deviation over the time frames.</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>However, I issued the commands &nbsp;( C-alpha is selected )</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 0 -e 100 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-0th-100th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"> <span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 100 -e 200 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-100th-200th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 200 -e 300 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-200th-300th.xvg</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 300 -e 400 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-300th-400th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"> <span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 400 -e 500 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-400th-500th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 500 -e 600 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-500th-600th.xvg</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 600 -e 700 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-600th-700th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"> <span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 700 -e 800 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-700th-800th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 800 -e 900 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-800th-900th.xvg</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 900 -e 1000 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-900th-1000th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"> <span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"> <span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Also, ( &nbsp;C-alpha is selected )</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>g_rmsf -f abc.xtc -b 0 -e 1000 -s abc-crystal.tpr -o RMSF-abc-0th-1000th.xvg</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Then I ploted,&nbsp;</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-0th-100th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-100th-200th.xvg</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-200th-300th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-300th-400th.xvg</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-400th-500th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-500th-600th.xvg</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-600th-700th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-700th-800th.xvg</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-800th-900th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-900th-1000th.xvg</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Also, I ploted</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"> <span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>RMSF-abc-0th-1000th.xvg</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>The PLOT&nbsp;RMSF-abc-0th-1000th.xvg has all RMSF-Values much higher than those from&nbsp;RMSF-abc-0th-100th.xvg /&nbsp;RMSF-abc-100th-200th.xvg /&nbsp;RMSF-abc-200th-300th.xvg / ...... &nbsp; /&nbsp;RMSF-abc-900th-1000th.xvg.......</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>It does not make sense... I supposed.....</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"> <span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Did I misunderstand something ?</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>THank you</span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Lin</span></p> <p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: small;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </span></p><p style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></p></div> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists