<br><br>----- Original Message -----<br>From: teklebrh@ualberta.ca<br>Date: Tuesday, October 26, 2010 15:49<br>Subject: [gmx-users] Total Energy of the system is positive?<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Dear Gromacs users,<br>&gt; <br>&gt; I have simulated a system for 10ns and found out that the Total <br>&gt; Energy of the system is positive and even the Epot of the system <br>&gt; is positive. Is the data then reliable. Before I run the <br><br>Positive potential energy indicates the system would prefer to explode than stay condensed. Negative PE is a necessary but not sufficient condition for a stable condensed-phase system. Probably your topology or starting structure is badly broken.<br><br>&gt; simulation i just check the energy min step and it was in fact <br>&gt; negative.<br>&gt; What does this mean? and There is no flactuations in temp and <br>&gt; pressure.<br><br>Probably because you are looking at an energy minimization which has no velocities.<br><br>&gt; In solvent one it was negative and in solvent 2 it is negative. <br>&gt; The same polymer but in diffrent solution. One solution give me <br>&gt; positive TE and the other not.<br><br>I don't know what "it" is.<br><br>Mark