Hi!!<br><br>I am new to short peptide simulations at low temperatures.<br>I want to run a MD of short peptides of 6 - 12 residues at 276 K.<br>For this the scheme I wish to follow is :<br>1. Run a short energy minimization of the peptide + water system to remove short contacts<br>
2. Equillibrate the system at 2K for 100ps<br>3. Rum MD with a starting temperature of 2K and finally taking it to 276K in ~ 120ps in 15 annealing points and continue  for ~ 50 - 100 ns<br><br>Is this OK or do I have to Equilibrate the system at ~298K and in MD take the temp from 2K to 276 K and continue for 50 ns.<br>
<br>Please help. Thanks in advance<br><br><br>Subhrangshu Supakar<br>India<br>