Maybe these parameters do not work in concert. Try a two-pass version - first discard the first 10000, then later relabel the times.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: Martin Hoefling &lt;mhoefli@gwdg.de&gt;<br>Date: Tuesday, October 26, 2010 0:29<br>Subject: [gmx-users] trjconv t0/timestep parameter confusion<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hey Folks,<br>&gt; <br>&gt; I am having trouble with the t0 parameter in conjunction with -<br>&gt; b. What I am trying to obtain is the following: Trajectory <br>&gt; starts at 0 ends at 110000. From this trajectory, I wanna write <br>&gt; out frames from 10000 to 110000 (so discard the first 10000) and <br>&gt; set starting time to 0 so that I get a trajectory from 0 to 100000.<br>&gt; <br>&gt; What I tried is the following: trjconv -f in.xtc -b 10000 -t0 0 -<br>&gt; o out.xtc<br>&gt; <br>&gt; This leads to a never ending trjconv process writing out a <br>&gt; trajectory with frames and a deltat of 0.<br>&gt; <br>&gt; Did I misunderstood the parameters somehow? Tested with 4.0.7 <br>&gt; and 4.5, time units are ps and trajectories have 1ps sampling.<br>&gt; <br>&gt; Best wishes<br>&gt; <br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Martin<br>&gt; <br>&gt; BTW:<br>&gt; <br>&gt; The workaround for this problem:<br>&gt; <br>&gt; First writing -b into a temp trajectory and then treating the <br>&gt; tmp trajectory with -t0 0<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; Martin Hoefling<br>&gt; Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<br>&gt; Theoretical &amp; Computational Biophysics<br>&gt; Am Fassberg 11<br>&gt; 37077 Goettingen<br>&gt; Germany<br>&gt; Phone: +49 551 201 2314<br>&gt; Fax: +49 551 201 2302<br>&gt; Mail: mhoefli@gwdg.de<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww <br>&gt; interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists