<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Yes I have been using the how-to for making the energy landscape. Now I just need to go backwards.<br>

<br>
Ali Naqvi wrote:<br>
&gt; Hi all,<br>
&gt; I have been following the method outlined by Yuguang Mu to generate the<br>
&gt; energy landscape along two eigenvectors. There are four minima that I<br>
&gt; wish to explore. I can determine the points along the vectors that<br>
&gt; correspond to the conformation, but am unsure of how to use those to<br>
&gt; obtain the corresponding pdb as was shown in the paper:<br>
&gt;<br>
&gt; Mu, et al. Energy Landscape of a Small Peptide Revealed by<br>
&gt; Dihedral Angle Principal Component Analysis, 2005.<br>
&gt;<br>
&gt; Any insight?<br>
&gt;<br>
<br>
Have you tried the dihedral PCA how-to?  I don&#39;t know if it will give you<br>
everything you want, but it&#39;s certainly a start.<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Dihedral_PCA" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Dihedral_PCA</a><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; Cordially,<br>
&gt; Ali<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
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<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 78, Issue 212<br>
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